칼럼

적격합병으로 승계한 이월결손금의 공제한도는 승계사업 소득을 기준으로 계산한다

작성: 서권식 변호사 · 최초 게시 2026.11.14 · 최종 수정 2026.11.14

M&A 합병 분할 조세·관세

핵심 결론 적격합병으로 승계한 피합병법인의 이월결손금은 승계사업에서 발생한 소득에 법정 공제율을 적용한 한도에서 공제한다. 합병법인 전체 소득을 기준으로 한도를 늘릴 수 없으며, 이를 명시한 2019년 신설 규정은 종전 법리를 명확히 한 확인적 규정이다.

실무적 유의점

가. 승계한 결손금의 총액과 실제 공제할 수 있는 금액은 다르다

적격합병으로 피합병법인의 이월결손금을 승계하더라도, 그 전액을 합병법인의 전체 이익에서 자유롭게 공제할 수 있는 것은 아니다. 승계사업에서 발생한 소득을 먼저 산정하고, 여기에 해당 사업연도의 공제한도 비율을 적용해야 한다.

따라서 합병의 세금 절감 효과나 이월결손금의 경제적 가치를 평가할 때에는 승계결손금 잔액뿐 아니라 승계사업의 연도별 예상 소득, 적용 공제율 및 잔여 공제기간을 함께 검토해야 한다. 합병법인의 기존 사업에서 큰 이익이 발생한다는 사정만으로 승계결손금의 공제한도가 증가하지는 않는다.

나. 구분경리는 공제한도 산정의 기초가 된다

합병 후 전체 법인의 손익만 관리하면 승계결손금의 공제 가능액을 정확히 산정하기 어렵다. 기존 사업과 승계사업의 매출·비용·자산·부채를 구분하고, 공통비용 등의 배분 근거도 확보해야 한다.

법령상 구분경리의 예외가 적용되는 경우에도 결손금 공제 범위까지 통합되는 것은 아니다. 법령에 따른 안분계산 등 별도의 산정방식을 확인해야 한다.

다. 조세회피 목적이 없다는 사정만으로 공제 제한이 해제되지 않는다

이 사건의 공제한도는 납세자가 조세회피 목적으로 합병하였다는 사실이 인정되어야만 적용되는 제재가 아니다. 적격합병으로 결손금 승계가 인정되는 경우에도 적용되는 객관적인 계산 규칙이다.

라. 과거 사업연도의 경정청구도 종전 법률의 체계까지 검토해야 한다

2019년 말에 사업별 공제한도를 명시한 조항이 신설되었다는 이유만으로, 그 이전에는 합병법인 전체 소득을 기준으로 공제할 수 있었다고 주장하기는 어렵다. 대법원은 종전의 공제한도 규정, 합병 시 구분공제 규정 및 구분경리 규정을 함께 해석하여 이미 같은 제한이 존재한다고 판단하였다.

이 자료는 서권식 변호사가 실무를 처리하면서 참조한 판례를 바탕으로, 실무상 유의할 점에 주안점을 두고 법리적 쟁점을 정리한 것입니다. 본문의 판례와 법령은 국가법령정보센터에 원문이 실려 있으면 그 원문으로 연결됩니다. 국가법령정보센터로 연결되지 않는 판례·법령은 공개되지 않은 하급심·환송심 판결 등을 판결문과 원문을 직접 확보·확인하여 정리한 것입니다.

주요 판례·법령 2025두35623, 2019두56333

해당판결

대법원 2026. 4. 16. 선고 2025두35623 판결

사건명: 법인세경정거부처분취소

원심판결: 서울고등법원 2025. 10. 24. 선고 2024누71161 판결

확정 여부: 대법원 상고기각으로 원고 패소 확정.

대법원은 승계한 이월결손금의 공제한도를 합병법인 전체 소득을 기준으로 계산해야 한다는 원고의 주장을 배척하였다. 이에 따라 2018·2019 사업연도 법인세의 환급을 구한 경정청구에 대한 거부처분이 유지되었다.

이 사건은 과세관청이 당초 신고보다 세금을 추가로 부과한 사건이 아니다. 원고가 당초 적용한 공제한도를 확대하여 세금을 돌려달라고 청구하였으나 받아들여지지 않은 사건이다.

사건 경과

심급	판결	결과
제1심	서울행정법원 2024. 11. 12. 선고 2024구합62523 판결	원고 청구 모두 기각
항소심	서울고등법원 2025. 10. 24. 선고 2024누71161 판결	원고 항소 기각
상고심	대법원 2026. 4. 16. 선고 2025두35623 판결	원고 상고 기각

사실관계

가. 합병과 이월결손금 승계

원고는 지류의 제조·가공·판매업 등을 영위하는 회사로, 2017. 3. 2. 다른 회사를 흡수합병하면서 피합병법인의 이월결손금 86,327,141,488원을 승계하였다.

이 사건에서는 적격합병에 따른 결손금 승계 자체보다, 승계한 결손금을 합병 후 각 사업연도에 어느 범위까지 공제할 수 있는지가 문제 되었다.

나. 당초 신고 내용

원고는 2018·2019 사업연도 법인세를 신고하면서 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득을 기준으로 공제한도를 계산하였다.

2018년에는 승계사업 소득의 70%, 2019년에는 승계사업 소득의 60%를 한도로 이월결손금을 공제하였다.

다. 경정청구 내용

이후 원고는 공제한도를 승계사업 소득만으로 계산할 것이 아니라, 원고의 기존 사업 소득까지 포함한 전체 소득을 기준으로 계산해야 한다고 주장하였다.

원고는 이러한 방식으로 산정한 한도 안에서 승계사업 소득 전액을 공제할 수 있다고 보아, 2022. 8. 18. 법인세 경정청구를 하였다.

제1심판결에 기재된 주요 금액은 다음과 같다.

구분	2018 사업연도	2019 사업연도
합병법인 전체 소득금액	81,804,562,352원	86,484,484,793원
승계사업 소득금액	16,248,656,914원	17,405,890,286원
해당 연도 공제한도 비율	70%	60%
당초 신고한 승계결손금 공제액	11,374,059,839원	10,443,534,172원
경정청구에서 주장한 승계결손금 공제액	16,248,656,914원	17,405,890,286원
환급을 구한 법인세액	1,072,411,350원	1,636,499,940원

금액은 판결문 기재에 따른 것이다. 이월결손금 공제액과 환급을 구한 법인세액은 구별된다.

원고가 환급을 구한 법인세는 합계 2,708,911,290원이었다.

과세관청은 당초 신고한 계산방식이 적법하다는 이유로 2022. 10. 4. 경정청구를 거부하였다.

쟁점과 계산방법

가. 원고도 승계사업 소득 범위라는 제한은 인정하였다

원고는 피합병법인의 결손금을 공제할 때 승계사업 소득을 초과할 수 없다는 제한 자체는 인정하였다.

다만 다음 두 규정을 각각 독립된 제한으로 보아야 한다고 주장하였다.

일반적인 이월결손금 공제한도: 합병법인 전체 소득 × 해당 연도 공제율
승계결손금의 공제 범위: 승계사업 소득을 초과할 수 없음

이 주장을 따르면 전체 소득에 공제율을 적용한 금액이 승계사업 소득보다 클 때, 승계사업 소득 전액을 결손금으로 공제할 수 있다.

따라서 원고 주장의 핵심은 승계사업 소득이라는 상한을 없애자는 것이 아니라, 공제율을 적용할 소득의 범위를 합병법인 전체 소득으로 넓히자는 것이었다.

나. 법원은 승계사업 소득 자체에 공제율을 적용해야 한다고 보았다

대법원은 일반적인 공제한도 규정과 합병 시 구분공제 규정을 유기적으로 해석하였다.

그 결과 승계결손금의 공제한도를 계산할 때에는 처음부터 승계사업 소득을 기준으로 공제율을 적용해야 한다고 판단하였다.

다른 결손금이나 특례가 없고 양 사업 모두 이익이 발생한 경우를 전제로 계산구조를 단순화하면 다음과 같다.

구분	승계결손금 공제한도
원고 주장	‘전체 소득 × 공제율’과 ‘승계사업 소득’ 중 작은 금액
법원 판단	승계사업 소득 × 공제율

실제 공제액은 위 한도와 공제 가능한 승계결손금 잔액 등의 제한을 함께 적용하여 정한다.

다. 숫자로 비교하면 어떤 차이가 발생하는가

다음은 판결의 계산구조를 설명하기 위한 가정이다.

합병법인의 기존 사업 소득: 100억 원
피합병법인으로부터 승계한 사업 소득: 100억 원
합병법인 전체 소득: 200억 원
공제 가능한 승계결손금 잔액: 300억 원
적용 공제율: 이 사건 2019년 기준인 60%
합병법인 고유의 이월결손금과 다른 공제는 없다고 가정

계산 항목	원고 주장 방식	법원이 인정한 방식
공제율을 적용할 소득	전체 소득 200억 원	승계사업 소득 100억 원
60% 적용액	120억 원	60억 원
실제 승계결손금 공제액	승계사업 소득을 상한으로 100억 원	60억 원
전체 소득에서 위 결손금을 공제한 금액	100억 원	140억 원

원고 방식에서는 승계사업 소득 100억 원 전부가 공제된다. 법원 방식에서는 그중 60억 원만 공제되므로 40억 원이 남는다.

여기서 40억 원은 세액의 차이가 아니라 결손금 공제액 및 다른 조정이 없다는 가정 아래 과세표준의 차이이다. 60% 역시 법인세율이 아니라 결손금 공제한도 비율이다.

법리

가. 적격합병에 따른 결손금 승계는 세법이 정한 범위에서 인정된다

합병으로 피합병법인의 권리·의무가 포괄승계된다는 상법상 효과와 세법상 결손금 공제의 승계는 구별된다.

세법은 적격합병의 요건을 충족하는 경우 기업의 계속성을 인정하여 일정한 세무상 권리·의무와 결손금의 승계를 허용한다. 그러나 그 공제 범위와 한도까지 제한 없이 통합하는 것은 아니다.

대법원은 결손금 승계에 관한 규정과 합병 시 결손금 공제 제한 규정을 함께 적용해야 한다고 보았다.

나. 공제할 수 있는 사업의 범위와 공제 가능한 비율은 함께 적용된다

구 법인세법 제45조는 합병 전 각 법인에서 발생한 결손금이 합병 후 어느 사업의 소득에서 공제되는지를 정한다.

그 구조는 다음과 같다.

결손금의 발생 주체	합병 후 공제할 수 있는 소득의 범위
합병법인이 합병 전 보유하던 결손금	합병법인의 기존 사업에서 발생한 소득
피합병법인에서 승계한 결손금	피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득

여기에 구 법인세법 제13조 단서의 공제한도 비율이 적용된다.

대법원은 제45조에 따라 공제 대상이 되는 소득의 범위를 먼저 구별하고, 그 소득에 제13조 단서의 비율을 적용해야 한다고 판단하였다. 제13조만 따로 떼어 합병법인 전체 소득을 공제한도의 기초로 삼을 수는 없다는 것이다.

다. 제13조의 일반 규정과 제45조의 합병 특례는 체계적으로 해석해야 한다

원고는 제13조 단서에 ‘각 사업연도 소득’이라고만 되어 있고, 합병법인의 기존 사업과 승계사업 소득을 구별한다는 문구가 없다는 점을 강조하였다.

대법원은 해당 단서가 공제율을 정하는 일반 규정일 뿐, 합병으로 서로 다른 사업 소득이 존재하는 경우까지 포함하여 소득의 의미와 범위를 완결적으로 정한 규정은 아니라고 보았다.

따라서 합병법인에 적용할 때에는 과세표준에 관한 일반 규정인 제13조와 합병 시 구분공제에 관한 제45조를 함께 해석해야 한다.

조세법규는 원칙적으로 문언에 따라 해석해야 하지만, 법규 상호 간의 관계를 통하여 의미를 명확히 할 필요가 있는 경우에는 법적 안정성과 예측가능성을 해치지 않는 범위에서 입법 취지와 목적을 고려한 해석이 허용된다는 것이다.

라. 합병 전후 및 합병 형태 사이의 과세형평을 유지해야 한다

합병법인 전체 소득을 기준으로 승계결손금의 공제한도를 계산하면, 피합병법인이 독립된 법인으로 존속할 때보다 합병 후 공제한도가 커질 수 있다.

예컨대 피합병법인이 독립적으로 100억 원의 소득을 얻었다면 60% 공제율 아래에서는 60억 원까지만 결손금을 공제한다. 그런데 흑자법인과 합병하였다는 이유로 그 법인의 소득까지 합산하여 한도를 계산하면, 같은 사업에서 발생한 100억 원 전액이 공제될 수 있다.

대법원은 제45조가 합병 여부와 합병 형태에 관계없이 각 결손금의 공제 범위를 동일하게 설정하여 과세형평을 달성하고, 합병을 이용한 조세회피를 방지하려는 규정이라고 보았다.

이러한 취지는 공제한도 비율을 적용하는 단계에서도 유지되어야 한다.

마. 구분경리는 사업별 공제를 전제로 한다

구 법인세법 제113조 제3항 제1호는 합병등기일 현재 결손금이 있거나 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우, 해당 결손금을 공제받는 기간 동안 기존 사업과 승계사업의 자산·부채 및 손익을 원칙적으로 구분하여 기록하도록 정하였다.

대법원은 이 규정이 각 사업에서 발생한 소득별로 결손금을 공제하는 것을 전제로 한다고 보았다.

사업별 소득을 정확하게 산정하도록 요구하면서 공제한도를 계산할 때에는 전체 소득을 합산하는 것은 구분경리의 취지와 맞지 않는다는 것이다.

따라서 구분경리는 단순한 장부 형식에 관한 의무를 넘어, 승계결손금의 공제 가능액을 산정하는 실질적인 기초가 된다.

바. 조세회피 목적이 없더라도 공제한도는 적용된다

원고는 합병에 조세회피 목적이 없었고, 자신의 계산방식에 따르더라도 합병법인 전체로는 법인세를 납부하므로 공제한도를 축소할 이유가 없다고 주장하였다.

항소심은 구분공제 규정이 개별 납세자의 주관적인 조세회피 목적 유무를 묻지 않고 공제 범위를 제한하는 규정이라고 보아 이 주장을 배척하였다.

이 사건의 결론은 원고에게 조세회피 의도가 있었다는 사실인정에 기초한 것이 아니다. 적격합병으로 결손금 승계가 인정되더라도 사업별 공제 범위와 법정 공제율을 적용해야 한다는 법률해석에 기초한다.

사. 2019년 신설 규정은 확인적 규정이다

법률 제16833호로 신설된 법인세법 제45조 제5항은 합병법인의 합병 전 결손금과 피합병법인으로부터 승계한 결손금의 공제한도를 각 사업에 대응하는 소득을 기준으로 계산하도록 명시하였다.

원고는 이 조항이 공제한도를 새롭게 제한한 창설적 규정이므로, 신설 전인 2018·2019 사업연도에는 적용할 수 없다고 주장하였다.

대법원은 종전 법률의 문언·체계·취지에 의하더라도 이미 사업별 소득을 기준으로 한도를 산정해야 한다고 판단하였다. 신설 조항은 전체 소득을 기준으로 공제율을 적용할 수 있다는 오해를 없애고, 기존의 계산구조를 명확히 하기 위한 확인적 규정이라는 것이다.

항소심은 다음 사정도 보강 근거로 들었다.

입법 검토자료가 개정 취지를 ‘명확화’로 설명한 점
종전 규정의 체계적 해석으로 같은 결론에 도달할 수 있었던 점
과세관청이 신설 전부터 사업별 소득에 공제한도를 적용해 온 점
‘제13조 단서에도 불구하고’라는 표현만으로 창설적 규정이라고 단정할 수 없는 점

아. 후법을 소급 적용한 것과 종전 법률을 해석한 것은 구별된다

이 사건에서는 2019년 말 신설 조항을 과거 사업연도에 직접 소급 적용하여 새로운 제한을 부과한 것이 아니다.

과세관청과 법원은 해당 사업연도에 적용되는 종전 규정 자체를 해석하여 사업별 공제한도를 도출하였고, 후속 입법은 그 해석을 뒷받침하는 근거로 보았다.

따라서 개정 전에는 존재하지 않았던 의무를 후법으로 소급하여 부과하는 경우와 구별된다.

다만 모든 후속 개정이 확인적 규정이라는 의미는 아니다. 개정 전 규정만으로 같은 결론을 도출할 수 있는지, 개정이 권리·의무의 내용을 실질적으로 변경하는지 등을 개별적으로 판단해야 한다.

자. 2020년 신설된 기부금 관련 규정은 별개의 문제이다

원고는 2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정된 법인세법 제45조 제6항·제7항도 신설 조항의 성격에 관한 논거로 제시하였다.

대법원은 위 조항들이 이 사건의 결손금 공제한도 조항과 별개이므로, 그 법적 성격에 따라 이 사건 조항의 확인적 성격이 달라지지는 않는다고 판단하였다.

결손금, 기부금한도초과액 등은 합병에 따른 승계와 공제라는 공통점이 있어도 각각의 근거 규정과 개정 내용을 구별하여 검토해야 한다.

판결의 의미와 적용 범위

가. 결손금 승계와 공제한도 계산을 구별한 판결이다

이 사건은 약 863억 원의 이월결손금을 승계한 사실 자체를 부정한 판결이 아니다. 승계한 결손금을 해당 사업연도에 얼마나 공제할 수 있는지를 판단한 사건이다.

적격합병 요건을 충족하였다는 사실만으로 공제한도 문제가 해결되는 것은 아니라는 점이 중요하다.

나. 합병법인의 전체 수익성이 승계결손금의 활용도를 결정하지 않는다

합병법인 전체가 흑자여도 승계사업에서 소득이 발생하지 않으면, 이 사건에서 다룬 승계결손금은 그 사업연도에 공제할 소득이 없을 수 있다.

승계사업에 이익이 발생한 경우에도 공제율에 따른 제한을 받는다. 따라서 승계결손금의 활용 가능성은 승계사업 자체의 소득 창출능력과 밀접하게 연결된다.

다. 당해 연도에 공제되지 않은 금액이 곧바로 소멸하는 것은 아니다

공제한도 때문에 당해 연도에 공제하지 못한 결손금은 공제기간과 다른 법정 요건을 충족하는 범위에서 이후 사업연도의 공제를 검토할 수 있다.

따라서 공제한도에 따른 이연과 공제기간 만료에 따른 소멸 가능성을 구별해야 한다. 이 사건의 한도 제한이 특정 결손금 잔액 전부를 즉시 소멸시키는 것은 아니다.

라. 합병 후 새로 발생한 결손금까지 일률적으로 판단한 사건은 아니다

이 사건의 직접적인 판단 대상은 피합병법인이 합병 전에 보유하다가 적격합병으로 승계된 이월결손금이다.

합병 후 새로 발생한 결손금, 승계자산의 처분손실, 특례 적용대상 법인의 공제 등은 각각의 규정과 사실관계에 따라 검토해야 한다.

마. 사건 당시 공제율과 현행 공제율은 구별해야 한다

이 사건에는 2018 사업연도 70%, 2019 사업연도 60%가 적용되었다.

현행 법인세법 제45조 제5항은 사업별 소득금액을 기준으로 일반적으로 80%, 중소기업 및 회생계획 이행기업 등 법정 대상은 100%를 한도로 정하고 있다.

따라서 현재의 거래를 검토할 때에는 이 사건의 60% 또는 70%를 그대로 적용해서는 안 된다. 이 판결에서 확인된 핵심은 ‘어느 소득을 기준으로 공제율을 적용하는가’이며, 구체적인 공제율은 해당 사업연도와 법인의 적용 요건에 따라 정해야 한다.