해당판례
사건명은 법인세부과처분등취소이다. 대법원은 특수관계인인 개인 주주로부터 분여받은 이익도 법인세 과세대상에 포함된다고 판단하여 원심판결을 파기하고 서울고등법원에 환송하였다.
하급심
제1심은 원고의 청구를 일부 인용하여, 2014 사업연도 법인세 증액경정처분 중 144,182,880원을 초과하는 부분과 2013 사업연도 결손금 감액경정처분 중 395,905,212원 부분을 취소하였다. 피고 세무서장만 패소 부분에 대하여 항소하였다.
환송 전 원심은 서울고등법원 2023. 3. 21. 선고 2022누53299 판결이다.
원심은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호가 적용되려면 이익을 분여한 사람이 법인 주주여야 한다고 보았다. 따라서 원고가 특수관계인인 개인 주주들로부터 얻은 이익은 위 규정의 적용대상이 아니라고 판단하였다.
대법원은 위 규정이 이익 분여자를 법인으로 제한하지 않으며, 부당행위계산 부인에 관한 규정에서 자본거래의 유형만을 인용한 것이라고 보아 원심을 파기하였다.
파기환송심은 서울고등법원 2025. 11. 27. 선고 2024누47274 판결이다.
환송심은 개인 주주로부터 받은 이익의 익금산입을 인정하면서도, 특수관계인에게서 분여받은 이익을 구분하여 정당한 과세범위를 다시 계산하였다. 그 결과 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 다음과 같이 변경하였다.
- 법인세 증액경정처분: 2014 사업연도 법인세 482,604,780원 중 174,369,387원을 초과하는 부분을 취소하였다. 유지된 금액에는 가산세 45,797,357원이 포함된다.
- 결손금 감액경정처분: 2013 사업연도 결손금 727,735,587원 감액처분 중 384,048,129원 부분을 취소하였다.
- 나머지 청구는 기각하고 소송총비용은 각자 부담하도록 하였다.
결손금 감액처분은 그 금액 자체의 세금을 부과한 처분이 아니라 세무상 결손금을 줄이는 처분이다. 또한 위 법인세 유지액은 신주인수권 행사이익 외에 다른 소득조정과 이월결손금 등을 함께 반영하여 계산한 금액이다.
관련판례
- 대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사인지는 명칭보다 실제 조사내용과 납세자가 부담한 수인의무 등을 기준으로 판단한다. 환송심은 이 법리를 적용하여 세무조사 전 자료제출 요청의 성격을 판단하였다.
- 대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 기존 신고자료에 관한 단순한 설명이나 사실확인이 곧바로 세무조사가 되는 것은 아니라고 판단하였다. 이 사건 환송심이 일회성 자료제출 요청과 후속 세무조사를 구분하는 데 직접 인용한 선례이다.
- 대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 과세처분 취소소송에서 정당한 세액을 산출할 수 있으면 이를 초과하는 부분만 취소하여야 한다는 선례이다. 환송심은 이 법리에 따라 과세처분 전부를 유지하거나 취소하지 않고 정당한 범위를 초과한 부분을 취소하였다.
- 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011다106136 판결 환송판결의 기속력에 관한 선례이다. 환송심은 처분사유 변경을 전제로 한 대법원의 판단에도 기속된다는 근거로 인용하였다.
관련법령
- 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항·제3항 법인의 순자산을 증가시키는 거래에서 발생하는 수익을 익금으로 정하고, 수익의 범위 등에 관하여 대통령령에 위임한 규정이다.
- 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호 일정한 자본거래로 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 수익에 포함한 직접적인 과세근거이다.
- 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제8호·제8호의2 증자·감자, 합병·분할, 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 이익 분여가 발생하는 자본거래의 유형을 규정한다. 이 사건에서는 신주인수권 행사에 따른 주식 인수가 제8호의2의 거래유형으로 문제 되었다.
- 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항 법정 예외사유가 없으면 같은 세목과 과세기간에 대한 재조사를 금지하는 규정이다. 환송심에서 선행 자료제출 요청이 세무조사에 해당하는지를 판단하는 근거가 되었다.
법인세법 시행령 제11조 제9호는 대통령령 제17033호로 개정된 2000. 12. 29.에 인용방식이 변경되었다. 대법원은 그 개정 취지를 자본거래의 유형만을 인용하여 개인 주주가 분여한 이익도 수익에 포함된다는 점을 명확히 한 것으로 해석하였다.
사실관계
원고는 다른 회사의 주식을 보유한 법인이며, 그 회사 최대주주의 특수관계인이었다. 이하 신주인수권부사채를 발행한 회사를 ‘발행회사’라 한다. 피고는 원고에 대한 법인세 과세처분을 한 강남세무서장이다.
발행회사는 2012. 9. 21. 권면액 합계 70억 원의 사모 분리형 신주인수권부사채를 발행하였고, 원고는 그중 20억 원 상당을 인수하였다.
분리형 신주인수권부사채는 사채와 신주인수권을 분리할 수 있는 구조이다. 이 사건에서는 원고가 분리된 신주인수권을 행사하여 발행회사의 신주를 취득한 단계에서 발생한 이익이 문제 되었다.
원고는 2013. 9. 26. 및 2014. 9. 22. 신주인수권을 주당 955원에 행사하여 합계 2,094,240주를 취득하였다. 원고가 자신의 기존 지분율에 비례하여 배정받을 수 있는 수를 초과하면서, 행사 당시 시가보다 낮은 가격에 신주를 취득하였다는 것이 과세의 기초였다.
이러한 저가 신주인수에서는 기존 주주들의 주식가치가 희석되고, 신주를 인수하는 주주에게 경제적 이익이 이전될 수 있다. 과세관청은 원고가 이 과정에서 특수관계인인 기존 개인 주주들로부터 이익을 분여받았다고 보았다.
서울지방국세청장은 본격적인 세무조사에 앞서 2016. 5. 2. 원고에게 신주인수권 행사 관련 자료를 제출하라는 공문을 보냈다. 원고는 사채 인수계약서, 행사가액 산정자료, 신주인수권 행사청구서 등을 제출하였다.
이후 피고는 이익 분여에 따른 익금산입을 포함하여 2014 사업연도 법인세를 증액경정하고, 2013 사업연도 결손금을 감액경정하였다.
원고는 개인 주주로부터 받은 이익에는 해당 과세규정이 적용되지 않고, 사채 발행과 신주인수권 행사에도 경제적 합리성이 있으며, 선행 자료제출 요청 이후 이루어진 세무조사가 금지되는 중복조사라는 등의 이유로 처분을 다투었다.
법리
개인 주주로부터 받은 이익의 익금산입
일반적인 판단 기준
구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 ‘특수관계인’에는 법인 주주와 개인 주주가 모두 포함된다. 법인이 일정한 자본거래를 통하여 이익을 분여받았다면, 이익 분여자가 개인이라는 이유만으로 익금산입을 배제할 수 없다.
해당 규정은 제88조 제1항 제8호의2에서 정한 자본거래의 유형을 인용한다. 이익을 분여하는 쪽과 분여받는 쪽의 과세관계를 동일하게 취급하도록 정한 규정은 아니다.
해당 사건에 대한 적용
대법원은 원고가 특수관계인인 개인 주주들로부터 분여받은 이익도 익금에 포함될 수 있다고 판단하였다. 개인 주주가 이익 분여자라는 이유로 과세규정의 적용을 배제한 원심의 해석을 받아들이지 않았다.
부당행위계산 부인과 수익의 익금산입의 관계
일반적인 판단 기준
환송심은 이익을 받은 법인에 대한 익금산입을 위해 이익 분여자에게 부당행위계산 부인 규정이 적용되어야 하는 것은 아니라고 판단하였다.
이익을 분여받은 법인의 수익을 과세하는 문제와 이익 분여자의 행위계산을 부인하는 문제는 각각의 요건에 따라 판단한다.
해당 사건에 대한 적용
원고는 사채가 시가로 발행되었고 거래에 경제적 합리성이 있으므로 과세할 수 없다고 주장하였다.
환송심은 사채 발행 당시의 가격이 적정하다는 주장만으로 이후 신주인수권 행사 단계에서 발생한 이익의 과세가 배제되지는 않는다고 보았다. 원고가 지분비례 배정분을 초과하여 시가보다 낮은 가액에 신주를 인수하면서 특수관계인인 개인 주주들로부터 받은 이익을 익금으로 인정하였다.
특수관계인에게서 받은 이익의 산정
일반적인 판단 기준
해당 규정으로 과세하려면 신주인수권 행사로 얻은 전체 이익 중 특수관계인에게서 분여받은 부분을 구분하여야 한다. 신주 취득수량, 지분비례 배정분, 특수관계인의 지분과 실권수량, 행사 당시 주식가치 등을 확인해야 한다.
해당 사건에 대한 적용
환송심은 원고가 자신의 지분율을 초과하여 행사한 주식수를 1,695,496주로 인정하였다. 전체 실권주식수와 특수관계인들의 실권주식수를 고려하여, 특수관계인에게서 분여받은 것으로 계산되는 주식수를 합계 266,376주로 산정하였다.
이를 각 사업연도에 나누어 반영한 분여이익은 다음과 같다.
- 해당 2013 사업연도의 분여이익: 19,834,645원
- 해당 2014 사업연도의 분여이익: 91,456,087원
환송심은 이 금액들을 익금에 산입하고 다른 소득조정과 이월결손금 등을 반영하여 정당한 과세범위를 계산하였다. 따라서 개인 주주로부터 받은 이익이 과세된다는 판단이 당초 처분 전부의 적법성을 의미하지는 않는다.
자료제출 요청과 중복세무조사
일반적인 판단 기준
자료제출 요청이 세무조사에 해당하는지는 공문의 명칭만으로 결정하지 않는다. 요청의 목적과 범위, 질문·검사의 방식, 조사기간, 납세자가 부담한 의무와 영업상 제약 등을 종합하여 판단한다.
해당 사건에 대한 적용
환송심은 선행 절차가 공문을 한 차례 보내 기존 거래자료를 제출받고 간략한 설명을 들은 정도였다고 보았다. 사업장을 방문하여 임직원을 상대로 추가 질문·검사를 하였다고 인정하기 어렵고, 자료제출 부담도 영업의 자유를 실질적으로 제한할 정도는 아니라고 판단하였다.
자료를 제출하지 않으면 세무조사를 할 수 있다는 안내가 있었다는 사정만으로 결과가 달라지지는 않았다. 이에 따라 이후 실시된 세무조사가 금지되는 재조사라는 원고의 주장을 배척하였다.
실무적 유의점
- 거래 당사자의 지위를 구분해야 한다. 사채 발행회사, 신주인수권을 행사한 법인, 그 법인과 특수관계에 있는 기존 주주를 각각 특정하고, 어느 주주에게서 어느 정도의 이익이 이전되었는지 분석해야 한다.
- 사채 발행가격의 적정성과 신주인수권 행사이익의 과세 여부를 따로 검토해야 한다. 발행 당시 적정한 가격이었다는 사정만으로 행사 단계의 과세문제가 해소되지는 않는다.
- 주주명부, 지분변동표, 신주인수권 배정·양도·행사내역, 행사가액 조정자료 및 주식평가자료를 확보해야 한다. 특수관계인별 분여이익을 구분하는 것이 실제 과세액을 좌우할 수 있다.
- 과세근거의 적용 여부와 정당한 과세액의 계산을 함께 다투어야 한다. 이 사건 환송심에서도 법률상 과세근거는 인정되었지만, 구체적인 분여이익을 다시 계산하여 처분 일부가 취소되었다.
- 중복세무조사를 주장하려면 선행 절차의 실질을 입증해야 한다. 공문뿐 아니라 반복된 자료요구, 면담과 질문 내용, 제출자료의 범위 및 조사기간 등을 확인할 필요가 있다.