칼럼

법인 주식변동조사 후 주주에 대한 증여세 재조사 금지와 과세처분 직권취소에 따른 소의 이익

핵심 결론 법인 주식변동조사에서 주주의 명의신탁 과세요건까지 조사하였다면 당시 과세하지 않았더라도 같은 증여세의 재조사는 원칙적으로 금지된다. 재상고심에서는 과세관청의 직권취소로 소의 이익이 없어져 소가 각하되었다.
이 자료는 서권식 변호사가 실무를 처리하면서 참조한 판례를 바탕으로, 실무상 유의할 점에 주안점을 두고 법리적 쟁점을 정리한 것입니다. 본문의 판례는 국가법령정보센터에 원문이 실려 있으면 그 원문으로 연결됩니다. 공개되지 않은 하급심·환송심 판결은 판결문을 직접 확보하여 정리합니다.
주요 판례·법령 2015두3805, 2018두319, 2016두47659, 2014두8360, 2004두12070, 2014두43257, 2009두23617, 2012두18202

해당판례

대법원 2017. 12. 13. 선고 2015두3805 판결
사건명은 증여세부과처분취소이다. 법인에 대한 주식변동조사가 해당 주주의 증여세에 대한 세무조사에도 해당한다고 판단하고, 후속 조사가 금지되는 재조사인지 추가 심리하도록 원심판결을 파기환송하였다.
대법원 2019. 3. 14. 선고 2018두319 판결
같은 사건의 재상고심이다. 과세관청이 상고 후 부과처분을 직권취소하였으므로, 대법원은 원심판결을 파기하고 제1심판결을 취소한 다음 소를 각하하였다. 소송총비용은 피고가 부담하도록 하였다.
하급심
수원지방법원 2015. 1. 14. 선고 2012구합4105 판결은 원고의 청구를 기각하였다.
서울고등법원 2015. 10. 8. 선고 2015누617 판결도 원고의 주장을 받아들이지 않았다. 선행 주식변동조사는 법인을 대상으로 한 조사이고, 후속 증여세 조사는 원고 개인을 대상으로 한 조사이므로 조사대상이 다르다고 보았다.
대법원 2015두3805 판결은 조사대상의 형식적 구분만으로 판단해서는 안 된다고 보았다. 선행 조사에서 이미 원고의 주식 취득 경위와 자금출처, 명의신탁 사실을 조사하였으므로 원고의 증여세에 대한 세무조사가 이루어졌다고 판단하였다. 다만 후속 조사도 실질적인 세무조사에 해당하는지는 추가로 심리하도록 하였다.
서울고등법원 2018. 10. 17. 선고 2017누444 판결은 환송 후 후속 조사의 실제 진행 내용을 심리하였다. 세무공무원이 원고와 실제소유자로 지목된 사람에게 명의신탁 관련 질문을 하였고, 세무대리인이 의견을 제출하였으며, 과세관청이 이를 검토하여 과세한 사실 등을 근거로 실질적인 세무조사라고 인정하였다. 이에 중복세무조사금지 원칙을 위반한 부과처분을 취소하였다.
피고는 재상고하였으나 그 후 환송심판결의 취지에 따라 처분을 직권취소하였다. 이에 대법원 2018두319 판결은 처분이 이미 소멸하였다는 이유로 소를 각하하였다.
따라서 최종 경과는 ‘환송심의 처분취소 판결이 상고기각으로 확정된 것’이 아니라, ‘피고의 직권취소로 처분이 소멸하여 대법원이 소를 각하한 것’이다. 재상고심은 중복조사의 적법성을 본안에서 다시 판단하지 않았다.

관련판례

대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결
조사의 목적·경위, 질문조사의 대상·방법·내용, 취득 자료, 규모와 기간 등을 종합하여 세무조사 해당 여부를 판단한다는 선례이다. 대법원 2015두3805 판결이 선행 주식변동조사의 실질을 판단하면서 인용하였다.
대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결
재조사 금지규정을 위반한 조사에 기초한 과세처분은 위법하다는 선례이다. 대상판결은 이를 처분의 절차적 위법성 판단에 적용하였다.
대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두43257 판결
구법상 재조사 예외사유인 ‘각종 과세자료의 처리’에서 과세자료의 범위를 제한한 선례이다. 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 자료는 여기에 포함되지 않는다는 법리를 환송심이 적용하였다.
대법원 2011. 3. 10. 선고 2009두23617, 23624 판결
세무조사결정의 처분성과 이에 따른 납세자의 응답·수인의무에 관한 선례이다. 환송심은 사전통지 후 이루어진 질문·조사가 납세자의 법적 지위에 영향을 미친다는 판단에 인용하였다.
대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결
행정처분이 취소되어 소멸하면 그 처분의 취소를 구할 소의 이익도 없어진다는 선례이다. 대법원 2018두319 판결이 소를 각하한 직접적인 근거이다.

관련법령

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제1항·제2항
세무조사의 최소한 원칙, 조사권 남용 금지 및 같은 세목·같은 과세기간에 대한 재조사 금지를 규정한다. 대법원 2015두3805 판결이 표시한 법률 연혁이다.
구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항
환송심이 중복세무조사금지의 근거로 표시한 법률 연혁이다. 최초 대법원 판결과 환송심의 구법 표시를 각각 구분하였다.
구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제81조의7 제1항
세무조사 사전통지에 관한 규정이다. 환송심은 사전통지에 따른 조사결정과 그 이후 질문·조사의 법적 성격을 판단하면서 적용하였다.
구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제81조의5
세무조사 시 전문가의 조력을 받을 권리를 규정한다.
구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제2호
당시 재조사 예외사유 중 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에 관한 규정이다.
구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것) 제63조의3 제2호
과세표준과 세액을 결정·경정하기 위한 조사에서 세무전문가의 조력을 받을 수 있는 근거이다.
구 상속세 및 증여세법(1998. 12. 28. 법률 제5582호로 개정되기 전의 것) 제43조 제1항
명의자와 실질소유자가 다른 재산의 증여추정 및 조세회피목적이 없는 경우의 예외를 규정하였다. 이 사건 주식 명의신탁에 적용된 당시 조문은 제43조이며, 판결이 인용한 문언은 ‘증여한 것으로 추정한다’이다.

행정소송법 제12조

취소소송의 법률상 이익에 관한 규정이다.

행정소송법 제32조

처분이 취소·변경되어 청구가 각하 또는 기각된 경우 피고에게 소송비용을 부담시킬 수 있는 근거이다. 재상고심은 이에 따라 피고에게 소송총비용을 부담시켰다.

사실관계

원고는 주식회사 닉스의 주식을 자신의 명의로 보유하였던 사람이고, 피고는 원고에게 증여세를 부과한 성남세무서장이다. 과세관청과 법원은 주식회사 보성어패럴의 대표이사인 소외 1을 해당 주식의 실제소유자로 판단하였다.
주식 취득은 1998년 1월 12일 이루어졌다. 소외 1은 닉스 주식 160,000주를 취득하여 그중 90,000주를 원고에게 명의신탁하였다. 이어 같은 달 21일 유상증자로 취득한 주식 중 360,000주도 원고에게 명의신탁하였다. 원고 명의의 주식은 합계 450,000주였다.
주식 이전은 1999년 7월 15일 이루어졌다. 원고는 명의신탁받은 주식을 소외 1의 동생 등 9명에게 이전하였다.
선행 조사는 2001년 7월 18일부터 같은 해 9월 18일까지 실시되었다. 서울지방국세청은 닉스의 주식변동을 조사하면서 원고 등 거래당사자를 상대로 주식 취득·이전 경위에 관한 문답서를 작성하고, 주식매매계약서와 자금출처 자료 등을 수집하였다. 조사종결보고서에는 원고가 명의상 주주이고 실제 취득자는 소외 1이라는 취지가 기재되었다.
당시 과세관청은 원고로부터 주식을 이전받은 사람들에게는 증여 또는 명의신탁에 따른 증여세를 부과하였지만, 원고에게는 과세하지 않았다.
과세자료는 이후 다른 명의수탁자에 대한 조사 과정에서 다시 전달되었다. 강서세무서장은 2006년 원고 관련 과세자료를 관할 세무서에 통보하였고, 원고의 주소지 변경에 따라 2008년 성남세무서로 이송되었다.
후속 조사에 앞서 피고는 2010년 10월 6일 원고에게 세무조사 사전통지를 하였다. 당초 조사기간은 같은 달 14일부터 11월 2일까지였다. 세무공무원은 세무서를 방문한 원고에게 명의신탁 관련 질문을 하고, 원고가 알려준 연락처로 소외 1에게도 전화하여 관련 내용을 질문하였다.
원고의 세무대리인은 같은 해 10월 27일 조세회피목적이 없고, 주주명부에 명의개서를 하지 않았으며, 중복조사에 해당한다는 취지의 청원서를 제출하였다. 피고는 과세쟁점 자문을 거쳐 같은 해 12월경 조사를 종결하고, 2011년 2월 1일 원고에게 증여세를 부과하였다.
원고는 조세회피목적의 부재, 신의성실 원칙 위반, 자료수집절차의 위법 및 중복세무조사 등을 이유로 처분취소를 구하였다. 사건은 최초 대법원의 파기환송과 환송심의 처분취소 판결을 거쳤고, 재상고 후 피고가 처분을 직권취소하면서 소 각하로 종료되었다.

법리

세무조사 해당 여부의 실질적 판단
일반적인 판단 기준
세무조사 해당 여부는 조사 명칭이나 명목상 대상만으로 정하지 않는다. 조사 목적과 경위, 질문 대상과 내용, 자료수집 방법, 기간과 규모를 종합하여 과세요건을 조사·확인하는 실질이 있었는지 판단한다.
선행 조사 후 실제로 과세하였는지도 결정적인 기준은 아니다. 과세하지 않았더라도 해당 납세자의 과세요건을 실질적으로 조사하였다면 재조사 금지의 전제가 되는 선행 세무조사가 될 수 있다.
해당 사건에 대한 적용
선행 조사의 명목상 대상은 닉스의 주식변동이었다. 그러나 세무공무원은 원고의 주식 취득 경위와 자금출처를 조사하고 명의신탁 사실까지 확인하였다. 따라서 법인에 대한 조사라는 이유로 원고의 증여세 조사에 해당하지 않는다고 볼 수 없었다.
후속 조사와 단순한 내부 검토의 구별
일반적인 판단 기준
기존 자료를 바탕으로 과세관청 내부에서 법률문제만 검토하는 행위와 납세자 등을 접촉하여 질문·조사권을 행사하는 행위는 구분해야 한다. 새로운 서류를 확보하지 못하였다는 이유만으로 세무조사성이 부정되지는 않는다.
해당 사건에 대한 적용
환송심은 피고가 사전통지 후 원고와 소외 1에게 명의신탁 관련 질문을 하고, 원고 측의 반박과 이를 뒷받침할 자료의 유무를 확인하였다는 점에 주목하였다.
원고가 객관적인 입증자료를 제출하지 못하였다는 사정도 조사 결과의 일부였다. 따라서 추가자료가 거의 없다는 이유로 단순한 내부 검토에 불과하다고 볼 수 없었다.
재조사 예외사유의 엄격한 해석
일반적인 판단 기준
같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사는 법정 예외사유가 있을 때만 허용된다. 당시 시행령의 ‘각종 과세자료의 처리’라는 예외사유에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 자료가 포함되지 않는다.
해당 사건에 대한 적용
후속 조사의 근거는 서울지방국세청이 선행 주식변동조사에서 확보한 자료였다. 다른 세무서에 전달되었다는 사정만으로 재조사 예외사유에 해당하는 자료가 되지는 않았다. 환송심은 피고의 예외사유 주장을 배척하였다.
실체적 과세요건과 조사절차의 적법성
일반적인 판단 기준
과세의 실체적 요건과 세무조사 절차의 적법성은 별도로 판단한다. 명의신탁에 따른 과세요건을 부정하기 어렵더라도 금지된 재조사에 기초한 처분은 위법할 수 있다.
해당 사건에 대한 적용
최초 대법원은 조세회피목적이 없었다는 원고의 주장을 받아들이지 않았다. 비과세 합의나 신의성실 원칙 위반에 관한 주장도 배척하였다.
그럼에도 재조사 금지에 관한 원심의 판단에는 잘못이 있다고 보아 파기환송하였다. 환송심의 처분취소 사유는 조세회피목적이 없다는 판단이 아니라 중복세무조사라는 절차적 위법이었다.
직권취소와 취소소송의 종료
일반적인 판단 기준
과세관청이 처분을 직권취소하여 그 처분이 소멸하면, 이미 존재하지 않는 처분의 취소를 구할 소의 이익은 없어진다.
해당 사건에 대한 적용
피고가 재상고 후 부과처분을 직권취소하였으므로 대법원은 소를 각하하였다. 이는 과세처분의 적법성을 인정한 청구기각이 아니며, 원고가 실체적 쟁점에서 패소하였다는 의미도 아니다.

실무적 유의점

선행 조사자료를 확보해야 한다. 조사계획서의 명목상 대상뿐 아니라 문답서, 자료제출 요구, 자금출처 검토, 조사종결보고서 등을 통해 실제로 누구의 어떤 세목·과세기간·거래를 조사하였는지 입증하는 것이 중요하다.
선행 조사 후 과세하지 않았다는 사정과 세무조사가 없었다는 사정을 구별해야 한다. 비과세 합의나 신뢰보호 주장이 인정되지 않더라도 중복세무조사 주장은 별도로 성립할 수 있다.
후속 조사에서는 사전통지서, 출석 요청, 통화 내용, 질문사항, 세무대리인의 의견서와 방문 경위 등을 보존해야 한다. 과세관청이 이를 단순한 자료처리라고 설명하더라도 실제 질문·조사의 내용에 따라 판단이 달라진다.
기존 조사자료의 관서 간 이송만으로 재조사 예외가 성립한다고 볼 수 없다. 자료의 최초 작성·취득 주체와 후속 전달 경위를 확인해야 한다.
명의신탁의 실체적 과세요건과 중복조사의 절차적 위법을 나누어 주장해야 한다. 이 사건을 ‘조세회피목적이 없는 명의신탁으로 인정되어 취소된 사례’로 인용해서는 안 된다.
최종 소송결과를 기재할 때에는 ‘환송심에서 중복조사를 이유로 처분취소, 재상고 후 피고의 직권취소, 대법원의 소 각하 및 피고 소송총비용 부담’이라는 경과를 정확히 구분해야 한다.
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