칼럼

신주발행형 우리사주매수선택권 행사차액의 손금산입과 개정법의 적용 범위

핵심 결론 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액은 회사의 순자산을 감소시키지 않아 구법상 손금이 아니다. 이를 손금으로 인정하는 2022년 개정규정은 새로운 특례이므로 이 사건의 2015∼2018년 행사분에는 적용되지 않는다.
이 자료는 서권식 변호사가 실무를 처리하면서 참조한 판례를 바탕으로, 실무상 유의할 점에 주안점을 두고 법리적 쟁점을 정리한 것입니다. 본문의 판례는 국가법령정보센터에 원문이 실려 있으면 그 원문으로 연결됩니다. 공개되지 않은 하급심·환송심 판결은 판결문을 직접 확보하여 정리합니다.
주요 판례·법령 2023두45736, 2012두3972, 2013다18684

해당판례

대법원 2023. 10. 12. 선고 2023두45736 판결
사건명은 법인세경정거부처분취소이다. 대법원은 회사의 손금산입을 인정한 원심판결을 파기하고 사건을 대전고등법원에 환송하였다.
이 사건에서 손금산입 여부를 판단하는 주체는 우리사주매수선택권을 부여하고 신주를 발행한 회사이다. 직원이 얻은 행사차액을 회사의 법인세 계산에서 비용으로 공제할 수 있는지가 문제되었다.
하급심
제1심
대전지방법원 2022. 9. 1. 선고 2021구합101702 판결은 회사의 청구를 받아들이지 않았다.
원심
대전고등법원 2023. 6. 8. 선고 2022누12690 판결은 제1심판결을 취소하고 회사의 청구를 인용하였다.
원심은 행사차액이 근로 제공의 대가로 지급된 인건비의 성격을 가진다고 보았다. 회사가 받을 수 있었던 금전적 이익을 직원에게 제공하였으므로, 경제적으로 급여를 지급한 것과 같고 자산 감소나 부채 증가에 견줄 만한 효과가 있다는 이유였다.
따라서 신주발행으로 형식적인 순자산 감소가 없더라도 실질적으로 순자산을 감소시키는 거래에 해당한다고 판단하였다.
대법원과의 차이
대법원은 순자산 감소라는 요건을 법문에 따라 엄격하게 판단하였다. 신주발행 시 회사는 인수가액을 납입받으므로 자본이 증가할 뿐 순자산이 감소하지 않는다. 직원에게 경제적 이익이 발생하였다는 사실만으로 회사에 같은 금액의 손비가 발생했다고 볼 수 없다는 것이다.
또한 2022년 개정규정은 새로운 손금산입 특례이므로, 이를 근거로 개정 전의 행사차액까지 손금으로 인정할 수 없다고 판단하였다.
공개자료에서 파기환송심 판결과 확정 여부는 확인되지 않았다. 따라서 소송 결과는 원심파기·환송으로 표시한다.

관련판례

  • 대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문에 따라 해석하여야 하고, 합리적 이유 없는 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다는 판례이다. 대상판결은 순자산 감소 요건을 엄격하게 해석하는 근거로 인용하였다.
  • 대법원 2014. 8. 28. 선고 2013다18684 판결 우리사주제도가 근로자의 주식 취득·보유를 통하여 경제적·사회적 지위 향상, 생산성 향상 및 노사협력 증진을 도모하는 제도라고 설명한 판례이다. 대상판결은 우리사주제도의 목적을 설명하면서 인용하였다. 행사차액의 손금산입을 직접 인정한 선례는 아니다.
위 두 판례의 인용 관계는 대상판결의 대법원 판단 부분에서 확인된다.

관련법령

판결에 적용된 구법
2022년 개정규정과 부칙
법인세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32418호로 개정된 것) 제19조 제19호의2 가목 2)는 우리사주매수선택권을 행사하여 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우, 실제 매수가액과 시가의 차액을 손비에 포함하도록 하였다.
기존 주식보상 관련 규정에 우리사주매수선택권을 추가한 개정이다. 대법원은 우리사주매수선택권에 관한 이 부분을 새로운 손금산입 특례로 보았다.
따라서 부여일이 개정 전이라는 이유만으로 특례 적용이 배제되지는 않는다. 사업연도의 개시일과 실제 행사일을 함께 확인해야 한다.
현행법과의 구분
2026. 9. 17. 기준으로 확인한 관련 조문은 다음과 같다.
  • 법인세법 제19조 제1항·제2항·제4항 순자산 감소와 사업 관련성 등에 관한 손금의 기본 구조는 유지되고 있다.
  • 법인세법 시행령 제19조 제3호 인건비에 관한 규정이다.
  • 법인세법 시행령 제19조 제19호의2 가목 2) 신주발행형 우리사주매수선택권의 실제 매수가액과 시가의 차액을 손비에 포함하는 규정이 현재도 유지되고 있다.
  • 법인세법 시행령 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분 단서 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 제한한다. 행사차액의 10%만 공제한다는 뜻이 아니라, 선택권 등의 부여·지급 규모에 관한 요건이다.
  • 법인세법 시행령 제19조 제24호 그 밖의 손비에 관한 포괄규정이다. 판결에서 인용한 구법의 제22호와 현행 조문 번호를 구분해야 한다.
  • 근로복지기본법 제39조 제1항 우리사주매수선택권의 제도적 근거이다. 정관과 주주총회 결의에 따른 부여 한도는 발행주식총수의 20%이지만, 법인세법 시행령의 손금산입 특례에는 별도의 10% 요건이 있으므로 두 기준을 구분해야 한다.

사실관계

원고 주식회사 동남합성은 상장회사로서 우리사주조합원인 임직원에게 미리 정한 가격으로 신주를 인수할 수 있는 우리사주매수선택권을 부여하였다.
일부 임직원은 2015∼2018 사업연도에 선택권을 행사하고 약정된 가격을 납입하여 신주를 취득하였다. 행사 당시 신주의 시가가 행사가격보다 높아 그 차액만큼의 경제적 이익이 발생하였다.
회사는 당초 법인세 신고에서 이 행사차액을 손금에 산입하지 않았다. 이후 행사차액이 근로 제공의 대가인 인건비에 해당한다고 주장하면서, 2020. 5. 13. 법인세 합계 169,133,314원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
공주세무서장은 2020. 7. 13. 경정청구를 거부하였다. 회사는 이에 불복하여 소송을 제기하였다.
쟁점은 직원이 얻은 행사차액을 신주를 발행한 회사의 손금으로 인정할 수 있는지였다.

법리

일반적인 판단 기준
법인세법은 손비 항목을 모두 한정적으로 열거하지 않고 포괄적으로 규정한다. 따라서 시행령에 특정 비용의 명칭이 없다는 이유만으로 곧바로 손금산입이 부정되는 것은 아니다.
다만 기본적으로 회사의 순자산을 감소시키는 거래에서 발생한 손비여야 한다. 이 요건을 충족하지 않는 금액은 별도의 손금산입 특례가 없는 한 손금이 될 수 없다.
근로 제공의 대가라는 성격이나 사업 관련성이 인정되더라도, 그것만으로 순자산 감소 요건까지 충족되는 것은 아니다.
이 사건에 대한 적용
회사가 신주를 발행하면 직원이 납입한 인수가액만큼 회사에 자금이 들어오고 자본이 증가한다. 주식을 시가보다 낮은 가격으로 발행하였다는 사정만으로 회사의 순자산이 감소하는 것은 아니다.
대법원은 행사차액을 회사가 원래 보유하거나 당연히 취득할 금전적 이익이라고 보기도 어렵다고 판단하였다. 따라서 회사가 직원에게 현금 급여를 지급한 경우와 동일하게 취급할 수 없다고 보았다.
이 사건의 2015∼2018년 행사분에는 우리사주매수선택권 행사차액을 별도로 손금에 산입하는 특례가 적용되지 않았다. 이에 따라 회사의 손금산입을 부정하였다.
개정법과의 관계
2022년 개정은 종전에도 손금이었던 것을 확인한 규정이 아니라, 우리사주매수선택권의 활용을 촉진하기 위해 새롭게 손금산입을 허용한 규정이다.
따라서 개정규정을 근거로 이 사건의 과거 행사분에 관한 구법의 해석을 변경할 수는 없다. 반면 현행법의 적용 대상 거래에서는 명시적인 특례에 따라 손금산입 여부를 판단해야 한다.

실무적 유의점

  • 과세 주체를 명확히 구분해야 한다. 이 판결은 신주를 발행한 회사의 법인세상 손금에 관한 판단이다. 직원에게 발생한 행사이익의 소득세 과세 여부는 별도로 검토해야 한다.
  • 선택권의 부여일, 행사일 및 회사의 사업연도 개시일을 구분하여 확인해야 한다. 개정 전에 부여한 선택권이라도 개정 시행 후 행사하였다면 부칙에 따라 특례 적용 대상이 될 수 있다.
  • 우리사주매수선택권과 상법상 주식매수선택권을 구분하고, 신주발행형인지 자기주식 교부형인지도 확인해야 한다. 이 판결의 구법상 결론은 신주발행형 우리사주매수선택권에 관한 것이다.
  • 현행법상 손금산입을 주장하려면 적법한 부여 절차, 적용 대상, 발행주식총수 대비 부여 규모 및 행사차액 산정 근거를 갖추어야 한다. 정관, 주주총회·이사회 의사록, 부여계약, 행사청구서, 납입자료와 시가 산정자료가 주요 확인 자료가 된다.
  • 회계상 주식보상비용으로 처리하였다는 사정만으로 세법상 손금이 되는 것은 아니다. 구법 적용 거래에서는 순자산 감소 또는 별도 특례의 존재를, 개정법 적용 거래에서는 명시된 특례 요건의 충족을 중심으로 주장·입증해야 한다.
이 글이 다룬 조문

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