실무적 유의점
가. 과세절차의 위법과 세액 계산의 위법을 구분해야 한다
과세처분을 다툴 때에는 과세표준과 세액 계산뿐 아니라 과세예고통지, 과세전적부심사 청구 및 결정, 실제 처분의 선후관계를 먼저 확인해야 한다.
이 사건의 2005년 법인세는 과세내용 자체의 타당성에 앞서 과세전적부심사 결정 전 처분이라는 절차상 하자가 문제 되었다. 반면 2006년 법인세는 지체상금 관련 소득을 어느 사업연도에 귀속시킬 것인지가 문제 되었다.
나. 제척기간 임박 여부는 과세예고통지일을 기준으로 확인해야 한다
과세예고통지 당시에는 부과제척기간 만료일까지 충분한 기간이 있었는데 심사가 지연되어 제척기간이 임박한 경우, 과세관청이 처분일을 기준으로 예외사유를 주장하여 심사결정 전에 과세할 수 있는 것은 아니다.
납세자는 과세예고통지일, 과세전적부심사 청구일, 부과제척기간 만료일 및 납세고지일을 대조하여 처분유보의무 위반 여부를 검토해야 한다.
다. 지체상금 면제의 세무처리는 공사별 채권 발생 시점에서 출발해야 한다
지체상금 면제가 부당행위계산부인이나 접대비 문제를 일으키는지 검토하기에 앞서, 각 공사의 약정준공일과 지체상금 발생 시점을 확인해야 한다.
공사기간이 여러 사업연도에 걸쳐 있다면 면제 결정을 한 연도에 지체상금 전액을 일괄 반영할 수 있다고 단정해서는 안 된다. 준공기한 연장합의의 성립 여부와 그 증빙도 함께 확인할 필요가 있다.
라. 실제 증액된 세액과 소송으로 다툴 수 있는 범위를 일치시켜야 한다
같은 경정처분에서 과세소득 증가와 세액공제가 함께 반영되었다면, 실제 증액된 세액을 기준으로 불복 범위를 정해야 한다. 특정 과세항목에서 발생한 증액분만을 따로 떼어 세액공제가 없었던 것처럼 취소를 구할 수는 없다.
이미 직권취소된 처분, 종전 처분 중 불복기간이 지나 확정된 세액, 새로 증액되거나 재부과된 세액도 구분해야 한다.
이 자료는 서권식 변호사가 실무를 처리하면서 참조한 판례를 바탕으로,
실무상 유의할 점에 주안점을 두고 법리적 쟁점을 정리한 것입니다.
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국가법령정보센터로 연결되지 않는 판례·법령은 공개되지 않은 하급심·환송심 판결 등을
판결문과 원문을 직접 확보·확인하여 정리한 것입니다.
해당 판결
가. 대법원 판결
원고는 주식회사 포스코이고, 피고는 포항세무서장이다. 대법원은 원심판결을 일부 파기하여 직접 재판하고, 일부는 다시 심리하도록 환송하였다.
| 구분 | 대상 세액 | 대법원 판단 |
|---|
| 2005년 법인세 중 이미 직권취소된 부분 | 5,884,163,742원 | 무효확인을 구하는 소를 각하하고, 예비적 취소청구에 관한 원고의 항소를 기각 |
| 2005년 법인세 중 직권취소되지 않은 나머지 부분 | 14,936,006,778원 | 과세전적부심사 결정 전 처분을 무효로 본 원심판단 유지 |
| 2006년 법인세 본세 중 실제 증액분을 초과하여 취소를 구한 부분 | 2,163,309,945원 | 소 각하 |
| 2006년 법인세 본세의 실제 증액분 | 268,623,126원 | 소득 귀속연도에 관한 심리미진을 이유로 파기환송 |
| 2006년 귀속분으로 2017. 1. 11. 재부과된 가산세 | 592,930,306원 | 본세와 함께 파기환송 |
| 기존 2006년 가산세 처분 중 추가로 취소를 구한 부분 | 1,037,739,730원 | 소 각하 판단 유지 |
나. 사건의 종결 경과
2005년 법인세 중 직권취소되지 않은 부분에 대한 무효확인 판단은 대법원에서 유지되었다.
2006년 법인세 본세 및 재부과된 가산세 중 환송된 부분은 대구고등법원 2020누2685 사건으로 진행되었고, 사건 경과에는 ‘소취하(판결 후)’로 표시되어 있다.
따라서 이 사건은 일부 무효확인 판단이 확정되고, 나머지 환송 부분은 판결 후 소취하로 종결된 사례이다. 환송심의 구체적인 판단 내용, 최종 세액 및 소취하 사유는 확인된 자료만으로 단정할 수 없다.
하급심
가. 대구지방법원 2016. 12. 20. 선고 2015구합20178 판결
2005년 법인세 부과처분에 대한 주위적 무효확인청구를 기각하고, 예비적 취소청구는 적법한 전심절차를 거치지 않았다는 이유로 각하하였다.
다만 일부 가산세 처분은 납세고지서에 구체적인 내역과 산출근거가 기재되지 않았다는 이유로 취소하였다. 과세관청은 이후 그 절차상 하자를 보완하여 해당 가산세를 다시 부과하였다.
2005년 법인세 부과처분은 과세전적부심사 결정 전에 이루어졌고 예외사유도 인정되지 않는다는 이유로 무효라고 판단하였다.
반면 2006년 지체상금 면제에 대해서는 특수관계자에 대한 면제를 부당행위계산부인 대상으로, 비특수관계자에 대한 면제를 접대비로 보아 관련 과세를 적법하다고 판단하였다.
대법원은 이 중 이미 직권취소된 처분까지 무효확인 대상으로 삼은 부분, 실제 증액분을 초과하여 본안판단을 한 부분 및 지체상금 관련 소득 전액을 2006년에 귀속시킨 부분을 바로잡았다.
다. 대구고등법원 2020누2685 사건
대법원 파기환송 후 진행된 사건으로, 판결 후 소취하로 종결되었다.
관련 판례
가. 과세전적부심사 결정 전 과세처분의 효력
법령상 예외사유 등 특별한 사정 없이 과세전적부심사 청구나 그 결정 전에 과세처분을 하면, 납세자의 절차적 권리를 침해한 하자가 중대하고 명백하여 원칙적으로 무효라고 판단하였다.
나. 증액경정처분에 대한 불복 범위
증액경정처분에 대한 소송에서 당초 신고나 결정의 위법사유도 주장할 수 있지만, 불복기간 경과 등으로 확정된 당초 세액까지 취소를 구할 수 있는 것은 아니라고 판단하였다.
다. 소득 귀속연도에 관한 증명책임
과세관청은 과세소득의 존재뿐 아니라 그 소득이 해당 사업연도에 귀속된다는 사실도 증명해야 한다. 귀속연도를 확정하기 어렵다는 이유로 조사 대상 사업연도에 임의로 귀속시킬 수는 없다.
라. 지체상금의 성질과 발생 시점
공사도급계약상 지체상금 약정은 손해배상액의 예정에 해당하며, 특별한 사정이 없는 한 약정준공일 다음 날부터 지체상금이 발생한다.
마. 기존 ChatByun 칼럼과의 관계
위 칼럼에서 다룬
대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두51700 판결은 제척기간이 임박하였다는 이유로 과세예고통지 자체를 생략할 수 있는지를 다룬 사례이다.
이 사건은 과세예고통지를 한 뒤 납세자가 청구한 과세전적부심사의 결정을 기다리지 않고 과세한 사례이다. 두 판결은 사전절차의 독자적인 가치를 인정한다는 점에서 연결되지만, 문제 된 절차와 판결의 구체적인 결론은 구분해야 한다.
관련 법령
가. 과세전적부심사와 처분유보
대법원 판결이 인용한 과세전적부심사 청구, 결정 및 심사결정 전 처분유보에 관한 규정이다.
나. 증액경정과 당초 확정된 세액의 관계
증액경정이 당초 확정된 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다는 규정으로, 불복 가능한 세액의 범위를 판단하는 근거가 된다.
다. 손익의 귀속사업연도와 지체상금
익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도에 이를 귀속시키는 권리의무확정주의에 관한 규정이다.
지체상금 약정의 법적 성질인 손해배상액의 예정에 관한 규정이다.
라. 원심이 지체상금 면제의 세무처리에 적용한 규정
접대비의 손금불산입과 부당행위계산부인에 관한 규정이다. 다만 이 사건 대법원 판결은 원심의 세무처리 결론을 그대로 확정하지 않고, 지체상금 관련 소득의 귀속연도를 다시 심리하도록 하였다.
사실관계
가. 과세전적부심사가 끝나기 전에 부과된 2005년 법인세
대구지방국세청장은 포스코의 2005년부터 2009년까지 사업연도를 대상으로 세무조사를 실시하고, 2010. 11. 30. 법인세 과세예고통지를 하였다. 포스코는 2010. 12. 29. 과세전적부심사를 청구하였다.
포항세무서장은 심사가 진행 중이던 2011. 3. 22. 부과제척기간이 임박하였다는 이유로 2005년 귀속 법인세와 가산세 합계 20,820,170,520원을 부과·고지하였다. 해당 부과제척기간의 만료일은 2011. 3. 31.이었다.
과세전적부심사 결정은 그보다 뒤인 2012. 2. 6. 이루어졌다. 과세관청은 일부 채택된 결정에 따라 2005년 법인세 중 5,884,163,742원을 직권취소하고 환급하였다.
나. 공사 지연과 지체상금 면제
포스코는 포스코건설 등 특수관계에 있는 3개 건설업체 및 서희건설 등 특수관계가 없는 13개 건설업체와 시설공사 도급계약을 체결하였다.
공사에 참여한 하도급업체 등이 고용한 일용건설노동자들의 파업으로 2006. 6. 30.부터 2006. 9. 20.까지 공사가 중단되었다. 문제 된 파업은 포스코 소속 근로자들의 파업이 아니었다.
각 공사의 당초 준공기한은 2006. 9. 30.부터 2007. 12. 30.까지에 걸쳐 있었다. 포스코는 공사 지연에 따른 약 97억 2,700만 원의 지체상금을 면제하였다.
포스코는 준공기한을 연장하는 합의가 있었으므로 지체상금 자체가 발생하지 않았다는 주장 등을 하였으나, 원심은 이를 받아들이지 않았다.
다. 지체상금 면제에 대한 과세와 실제 증액분
과세관청은 특수관계자에 대한 지체상금 면제액을 부당행위계산부인 대상으로 보아 익금산입하고, 비특수관계자에 대한 면제액을 접대비로 보아 관련 금액을 손금불산입하였다.
이에 따른 2006년 법인세 본세 증액 요인은 2,431,933,071원이었으나, 같은 경정처분에서 임시투자세액 2,163,309,945원이 추가 공제되었다. 따라서 실제 본세 증액분은 268,623,126원이었다.
법리
가. 과세전적부심사 결정 전 처분은 원칙적으로 무효이다
과세전적부심사는 과세처분이 이루어지기 전에 납세자가 예정된 과세내용의 적법성을 다툴 수 있도록 마련된 사전구제절차이다.
법령상 예외사유 등 특별한 사정 없이 그 결정을 기다리지 않고 과세하면, 납세자가 보장받아야 할 사전심사 기회를 실질적으로 박탈하게 된다. 대법원은 이러한 처분이 납세자의 절차적 권리를 침해하며, 그 하자가 중대하고 명백하여 무효라고 판단하였다.
이 사건에서도 이미 직권취소된 부분을 제외한 나머지 2005년 법인세 부과처분에 대한 무효확인 판단이 유지되었다.
나. 심사 도중 제척기간이 임박하였다는 사정만으로 예외가 성립하지 않는다
제척기간 임박을 이유로 심사결정 전에 과세할 수 있는지 판단하는 기준일은 세무조사 결과통지 및 과세예고통지를 하는 날이다.
이 사건 과세예고통지일인 2010. 11. 30.부터 부과제척기간 만료일인 2011. 3. 31.까지는 3개월을 초과하였다. 따라서 이후 심사가 진행되는 동안 제척기간이 임박하였다는 이유로 예외사유가 생겼다고 볼 수 없었다.
과세관청이 주장한 처분일 기준의 해석을 허용하면 심사 지연으로 납세자의 사전구제절차를 배제할 수 있게 되므로, 과세전적부심사 제도의 취지에도 맞지 않는다.
다. 이미 취소된 처분과 실제로 증액되지 않은 세액은 구별하여 처리해야 한다
직권취소된 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으므로, 그 처분의 무효확인이나 취소를 구할 소의 이익이 없다. 이에 따라 이미 환급된 2005년 법인세 부분에 대해서는 무효확인 판결을 유지할 수 없었다.
또한 증액경정처분이 있으면 당초 신고나 결정은 원칙적으로 그 처분에 흡수되므로, 납세자는 증액경정처분을 다투면서 당초 과세의 위법사유도 주장할 수 있다. 그러나 불복기간 경과 등으로 확정된 당초 세액까지 다시 취소를 구할 수 있는 것은 아니다.
이 사건에서 2006년 본세는 추가 세액공제를 반영한 268,623,126원만 실제로 증액되었다. 이를 초과한 청구 부분은 존재하지 않는 처분을 대상으로 하거나 이미 확정된 세액의 취소를 구하는 것이어서 부적법하였다.
라. 과세소득의 존재와 해당 사업연도에의 귀속은 각각 증명되어야 한다
법인세는 익금과 손금이 확정된 사업연도에 이를 귀속시키는 권리의무확정주의에 따른다.
따라서 과세관청은 과세할 소득이 있다는 사실뿐 아니라 그 소득이 문제 된 사업연도에 귀속된다는 사실도 증명해야 한다. 소득의 발생이나 귀속시점을 구체적으로 확정하기 어렵다는 이유로 조사 대상 사업연도에 일괄 귀속시킬 수는 없다.
마. 지체상금은 공사별 약정준공일과 실제 발생 시점을 따져야 한다
공사도급계약상 지체상금은 공사 완성이 지연된 데 대한 손해배상액의 예정으로서, 특별한 사정이 없는 한 약정준공일 다음 날부터 발생한다.
이 사건 공사들의 약정준공일은 2006년과 2007년에 걸쳐 있었다. 따라서 2007. 1. 1.부터 발생한 지체상금 채무의 면제나 채권 포기로 인한 익금 등은 2006년이 아닌 2007년 사업연도에 귀속된다.
원심은 공사별 약정준공일과 지체상금 발생 시점을 확인한 후 2006년 귀속 소득에 해당하는 범위를 판단했어야 한다. 이를 구분하지 않은 채 전액을 2006년 소득으로 본 것은 잘못이므로, 대법원은 실제 증액된 본세와 재부과된 가산세 부분을 파기환송하였다.
바. 이 판결을 지체상금 면제의 세무상 적법성을 일괄 확정한 사례로 보아서는 안 된다
원심은 특수관계자에 대한 지체상금 면제의 경제적 합리성을 부정하고, 비특수관계자에 대한 면제를 접대비로 평가하였다.
그러나 대법원은 소득 귀속연도에 관한 잘못을 이유로 관련 부분을 파기하면서 원고의 다른 상고이유 일부에 대한 판단을 생략하였다. 따라서 이 판결을 지체상금 면제에 대한 과세가 전부 적법하다고 확정한 사례로 소개하거나, 반대로 면제액 전부가 과세대상이 아니라고 인정한 사례로 소개해서는 안 된다.
대법원이 분명히 한 것은 지체상금 면제의 세무처리를 판단할 때에도 개별 채권의 발생 시점과 소득의 귀속사업연도를 구체적으로 심리해야 한다는 점이다.
