법인지방소득세의 외국납부세액공제 한계와 현행 과세표준 차감 제도

해당판례

대법원 2024. 1. 11. 선고 2023두44634 판결

사건명: 법인지방소득세경정거부처분취소.

대법원은 원고의 상고를 기각하였다. 외국납부세액의 과세표준 제외에 따른 일부 환급 이후, 원고가 추가로 다툰 경정거부처분에 관하여 원고 패소가 확정되었다.

하급심

서울행정법원 2022. 1. 27. 선고 2020구합61690 판결

제1심은 법인지방소득세에 관한 별도의 외국납부세액공제 규정이 없는 상황에서 한중 조세조약만으로 세액공제를 인정할 수 없다고 판단하였다. 간접외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에서 제외한 것에 더하여 추가로 손금산입할 근거도 없다고 보아 원고의 청구를 기각하였다.

서울고등법원 2023. 5. 26. 선고 2022누37563 판결

원심은 제1심 판단을 유지하였다. 조세조약이 이중과세의 완전한 해소까지 요구하는 것은 아니며, 간접외국납부세액의 익금산입을 취소하는 것과 그 금액을 추가로 손금산입하는 것은 구별된다고 설명하였다.

대법원은 원심의 이유에 일부 부적절하거나 미흡한 부분이 있다고 지적하면서도 결론은 정당하다고 판단하였다. 특히 조세조약이 세액공제를 통한 이중과세 조정의 일반원칙을 정하되, 구체적인 공제방법과 범위는 한국 세법에 따르도록 하였다는 점을 판단의 근거로 삼았다.

상고기각 사건이므로 파기환송심은 없다.

사실관계

원고는 중국 등 해외에 자회사를 둔 국내 법인이고, 피고는 원고의 서울 사업장에 관한 법인지방소득세를 관할하는 영등포구청장이다.

원고는 2014년부터 2017년까지 외국자회사들로부터 배당금 등을 받았다. 법인세에서는 외국납부세액공제를 적용하였지만, 법인지방소득세에서는 이를 적용하지 않은 상태로 신고·납부하였다.

이후 원고는 다음과 같은 방법으로 세액을 다시 계산하여 합계 1,549,721,453원, 가산세 포함 금액의 환급을 구하였다.

2014 사업연도: 전체 외국납부세액을 손금에 산입하는 방법.
2015∼2017 사업연도: 중국 자회사 배당과 관련된 외국납부세액을 법인지방소득세액에서 공제하는 방법.

피고는 2020. 4. 6. 경정청구를 거부하였다.

다만 소송 중 피고는 법인세 과세표준에 포함되어 있던 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에서 제외하기로 하여 일부 세액을 환급하였다. 제1심 판결에 따르면 본세 503,194,380원과 관련 가산세 56,191,000원이 환급되었다.

남은 분쟁은 조세조약을 근거로 법인지방소득세액에서 외국납부세액을 직접 공제할 수 있는지, 그리고 간접외국납부세액을 과세표준에서 제외한 뒤 그 금액을 추가로 손금산입할 수 있는지였다. 제1심 판결

법리

일반적인 판단 기준

법인지방소득세는 법인의 소득에 대하여 지방자치단체에 납부하는 지방세이다. 법인세가 국가에 납부하는 국세인 것과 구별된다.

지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서, 법인세액의 10%를 부과하던 종전 방식은 법인세 과세표준을 기초로 별도의 세율을 적용하는 독립세 방식으로 변경되었다. 따라서 법인세에서 세액공제를 받았다는 사실만으로 법인지방소득세에서도 같은 공제가 자동으로 인정되지는 않는다.

조세조약에 따른 공제 여부는 해당 조약의 문언·문맥·목적을 토대로 판단해야 한다. 이 사건 조약 조항은 세액공제를 통한 이중과세 조정의 일반원칙을 정하면서도, 구체적인 공제방법과 범위는 한국 세법에 따르도록 하고 있다.

대법원은 이중과세를 어느 범위까지, 어떤 방식으로 조정할 것인지에 관하여 입법자에게 광범위한 입법형성권이 있다고 보았다. 일부 이중과세가 남는다는 이유만으로 조약에서 구체적으로 정하지 않은 지방세 세액공제까지 도출할 수는 없다는 것이다.

해당 사건에 대한 적용

원고가 주장한 법인지방소득세의 외국납부세액공제에는 당시 국내법상 별도 근거가 없었다. 대법원은 한중 조세조약만으로 그 세액공제를 인정할 수 없다고 판단하였다.

간접외국납부세액의 추가 손금산입도 인정하지 않았다. 외국자회사가 납부한 세액을 국내 모회사의 법인세 과세표준에 익금으로 가산한 것은 세액공제를 적용하기 위한 처리였다. 법인지방소득세에서는 그 가산액을 제외할 수 있지만, 이를 제외한 후 동일 금액을 다시 비용으로 공제하려면 별도의 근거가 필요하다.

당시 계산 구조를 단순화하여 배당금 80에 간접외국납부세액 20을 가산해 법인세 과세표준을 100으로 계산했다고 가정하면, 지방소득세 계산에서 가산액 20을 제외하여 80으로 돌리는 것과 다시 20을 빼서 60으로 만드는 것은 다른 처리이다. 이 사건에서 추가로 인정되지 않은 것은 후자의 차감이다.

현행법에 따른 처리

현행법에서도 세액공제와 과세표준 차감을 구별해야 한다.

세액공제는 계산된 세금에서 일정 금액을 직접 빼는 것이고, 과세표준 차감은 세율을 적용하기 전의 소득금액을 줄이는 것이다. 외국납부세액 1억 원을 과세표준에서 차감한다고 하여 납부할 지방소득세가 1억 원 감소하는 것은 아니다.

현재는 법인세에서 외국납부세액공제를 적용하는 경우 일정한 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준에서 차감하는 명문 규정이 있다. 차감하지 못한 초과액은 원칙적으로 15년간 이월할 수 있지만, 과거 사업연도에 관한 부칙상 특례에서는 10년이 적용될 수 있다. 지방세법 제103조의19 제2항, 지방세법 제103조의19 제4항, 구 지방세법(2020. 12. 29. 법률 제17769호) 부칙 제10조

외국자회사 배당은 그보다 먼저 수입배당금 95% 익금불산입 제도의 적용대상인지 판단해야 한다. 익금불산입 적용대상 배당에는 외국납부세액공제가 배제되므로, 익금불산입과 외국납부세액공제 및 지방세 과세표준 차감을 모두 중첩하여 적용할 수 있다고 보아서는 안 된다. 법인세법 제18조의4 제1항, 법인세법 제57조 제7항

따라서 이 판결은 외국납부세액에 관한 지방세 조정 자체를 부정한 판결이 아니다. 조약만을 근거로 한 추가 세액공제와, 이미 제외한 간접외국납부세액의 추가 손금산입을 부정한 판결로 이해해야 한다.

실무적 유의점

청구하는 조정의 내용을 특정해야 한다. 법인지방소득세액에서의 직접 공제인지, 과세표준 차감인지, 익금산입 취소 후 추가 손금산입인지에 따라 법적 근거와 계산이 달라진다.
외국납부세액의 성격을 구분해야 한다. 국내 법인이 직접 부담한 외국세, 외국자회사가 부담한 간접외국납부세액, 조약에 따른 간주외국납부세액, 간접투자회사 등을 통한 외국납부세액을 일률적으로 처리해서는 안 된다.
주장·입증 자료를 연결해야 한다. 배당 지급자료, 자회사 지분율과 보유기간, 외국세 납부자료, 법인세 공제명세서, 익금산입 내역, 지방세 과세표준 조정 및 이월명세서를 사업연도별로 대조해야 한다.
현재의 외국자회사 배당은 95% 익금불산입 적용 여부부터 검토해야 한다. 이 사건의 과거 과세구조를 현재의 배당에 그대로 적용하면 공제 대상과 과세표준을 잘못 계산할 수 있다.
경정청구에서는 이미 환급된 부분과 남은 청구를 구분해야 한다. 여러 지방자치단체에 안분하여 신고한 경우에는 관할별 세액과 거부처분도 각각 특정해야 한다.
개정법의 적용례와 청구기간을 별도로 확인해야 한다. 과거 사업연도에 대한 환급 특례가 있었다고 하여 현재도 기간 제한 없이 경정청구할 수 있는 것은 아니다.
해외투자·배당계획이나 조세부담 약정을 설계할 때에는 국세와 지방세의 효과를 따로 계산해야 한다. 법인세 공제액에 일정 비율을 곱하면 지방세 절감액이 된다는 전제로 수익률이나 세금보전액을 산정하면 차이가 발생할 수 있다.

법인지방소득세의 외국납부세액공제 한계와 현행 과세표준 차감 제도

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