합병 주식가치 평가에서 과세관청의 재감정 한계와 법원 감정의 허용 — 입회보증금의 현재가치 평가

해당판례

대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두54265 판결

사건명: 법인세부과처분등취소청구.

대법원은 과세관청의 재감정 사유를 충분히 심리하지 않았다는 이유로 원심판결을 파기환송하였다. 다만 입회보증금 전액을 부채로 공제할 수 없고, 관련 규정에 따라 현재가치로 평가해야 한다는 원심의 판단은 받아들였다.

하급심

제1심은 서울행정법원 2019. 11. 5. 선고 2018구합58271 판결이고, 환송 전 원심은 서울고등법원 2020. 10. 23. 선고 2019누66509 판결이다.

환송 전 원심은 입회보증금의 현재가치 평가를 인정하였다. 토지 평가에 관해서는 평가심의위원회의 자문을 거쳤으므로 재감정 사유가 존재한다고 전제하고, 과세관청의 재감정가액을 적용한 처분을 받아들였다.

대법원은 평가심의위원회의 자문만으로 재감정 사유가 충족되는 것은 아니라고 판단하였다. 원래 감정의 목적, 납세자와 감정기관의 관계, 통모 여부, 조세회피 의사, 자문 내용 등을 함께 심리하도록 하였다.

환송심은 서울고등법원 2026. 8. 20. 선고 2024누41139 판결이다. 환송심의 결론은 다음과 같다.

과세관청이 제출한 증거만으로는 법정 재감정 사유가 인정되지 않으므로, 과세관청이 의뢰한 재감정가액을 시가로 사용할 수 없다고 판단하였다.
소송절차에서 법원이 실시하는 감정은 별개의 증거조사이므로, 이 사건에서는 법원 감정을 허용할 수 있다고 판단하였다.
법원 감정가액인 26,522,821,000원을 토지의 시가로 인정하고, 이에 따라 계산한 정당한 법인세액과 소득금액을 초과하는 부분만 취소하였다.
입회보증금의 현재가치 평가에 관한 판단은 유지하였다. 원고 중 D회사는 법원 감정가액을 적용해도 취소할 세액 등이 발생하지 않아 청구가 전부 기각되었다.

따라서 과세관청의 재감정을 배척한 결과 당초 신고가액이 그대로 인정되거나 과세처분 전부가 취소된 사건은 아니다. 환송심에서는 법원 감정에 따라 과세처분이 일부만 취소되었다.

사실관계

원고들은 롯데제주리조트 주식회사 또는 롯데부여리조트 주식회사의 주주인 법인들이다. 원고 중 호텔롯데 주식회사는 두 리조트 회사의 주주이면서 동시에 흡수합병을 하는 회사였다.

호텔롯데는 2013년 8월 14일 두 리조트 회사와 합병계약을 체결하여 흡수합병하였고, 두 리조트 회사는 2013년 10월 2일 해산하였다. 합병비율은 상속세 및 증여세법상 비상장주식의 보충적 평가방법으로 각 회사의 주식가치를 평가하여 정하였다.

세무조사 과정에서 과세관청은 두 가지 문제를 지적하였다.

첫째, 리조트 회원들에게 장래 반환할 입회보증금을 과다하게 부채로 반영하여 두 리조트 회사의 순자산가액을 낮추었다는 것이다.

둘째, 롯데제주리조트가 소유한 서귀포시 목장용지 등 9필지, 합계 304,510㎡의 토지가 낮게 평가되었다는 것이다.

과세관청은 이러한 평가로 소멸하는 리조트 회사들의 주식가치가 낮아지고 합병비율이 불공정하게 정해져, 리조트 회사의 주주인 원고들이 존속회사인 호텔롯데의 주주들에게 이익을 분여하였다고 보았다. 이에 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원고들의 법인세를 증액하고 관련 소득금액변동통지를 하였다.

토지 평가에 관한 주요 경과는 다음과 같다. 아래 금액은 모두 문제 된 토지 자체의 평가액이다.

합병 당시 감정: 두 감정기관이 2013년 6월 30일을 평가기준일로 평가한 금액의 평균은 15,073,245,000원이었다. 회사들은 이를 주식가치와 합병비율 산정에 반영하였다.
세무조사 당시 재감정: 과세관청은 평가심의위원회의 자문을 거쳐 2015년 11월경 다른 감정기관에 소급감정을 의뢰하고 이를 과세에 사용하였다.
조세심판원 결정 후 재감정: 조세심판원이 비교대상 토지 등의 적정성을 재조사하도록 결정하자, 과세관청은 2018년 3월경 다시 감정을 의뢰하였다. 평균액은 27,101,390,000원이었고, 이에 따라 당초 처분을 일부 감액하였다.
환송심의 법원 감정: 과세관청 측의 신청을 받아 법원이 선임한 감정인은 토지를 26,522,821,000원으로 평가하였다. 환송심은 이 금액을 시가로 채택하였다.

원고들은 과세관청에 재감정 권한이 없으므로 당초 감정가액을 적용해야 하고, 법원 감정도 허용해서는 안 된다고 주장하였다. 또한 입회보증금의 현재가치와 명목금액의 차액도 선수수익이라는 부채이므로 순자산에서 공제해야 한다고 주장하였다.

법리

과세관청의 재감정에는 별도의 법정 요건이 필요하다

일반적인 판단 기준

객관적이고 합리적인 감정가액은 시가가 될 수 있으며, 평가기준일이 지난 뒤 실시한 소급감정이라는 사정만으로 배제되지 않는다.

다만 법령이 정한 요건을 갖춘 원감정가액이 이미 존재한다면, 과세관청은 법정 재감정 사유 없이 다른 감정가액으로 이를 대체할 수 없다.

특히 원감정가액이 법령상 기준금액 이상인 경우에는 평가심의위원회 자문을 거쳤다는 사실 외에, 감정 목적과 당사자 관계 등 구체적 사정을 고려하여 원감정가액이 부적정한지 판단해야 한다.

해당 사건에 대한 적용

환송심은 다음 사정 등을 고려하여 재감정 사유가 입증되지 않았다고 판단하였다.

원감정은 담보제공 등 다른 목적이 아니라 합병을 위한 자산의 시가 평가를 목적으로 실시되었다.
감정기관에 의도적인 저평가를 요구하였다거나 납세자와 감정기관이 통모하였다는 사정이 인정되지 않았다.
감정기관이 과거 같은 기업집단의 업무를 여러 차례 수행하였다는 사정만으로 특수한 관계나 이해상충을 인정하기 어려웠다.
원감정가액은 해당 토지 개별공시지가의 약 121%였다.
평가심의위원회는 원감정가액을 시가로 인정하기 어려운 구체적 사유를 제시하지 않았다.

이에 따라 과세관청이 의뢰한 재감정가액은 시가로 사용할 수 없다고 판단하였다.

법원 감정의 허용 여부는 별도로 판단한다

일반적인 판단 기준

법원 감정은 소송에서 재산가액을 인정하기 위한 증거조사이다. 과세관청이 과세처분을 위해 실시하는 감정과 법적 성격 및 기능이 다르므로, 과세관청의 감정을 규율하는 세법상 요건이 법원 감정에 그대로 적용되지는 않는다.

다만 과세관청이 소송에서 감정을 신청하였다는 이유만으로 언제나 허용되는 것은 아니다. 세법상 감정절차의 통제를 무력화하는지, 기존에 주장한 시가의 증명 범위를 현저히 벗어나 유리한 자료를 탐색하려는 것인지, 납세자에게 예상하지 못한 불이익을 주는지 신중하게 판단해야 한다.

해당 사건에 대한 적용

환송심은 이 사건의 처분 경위와 기존 쟁점에 비추어 법원 감정을 허용하는 것이 절차적 통제를 무력화하거나 기존 시가 주장에 필요한 증명 범위를 현저히 벗어나는 것은 아니라고 판단하였다.

따라서 과세관청의 재감정가액을 배척하면서도 법원 감정은 별도로 채택하였다.

당초 감정가액과 법원 감정가액 중 무엇이 시가를 더 정확하게 반영하는가

일반적인 판단 기준

법원은 감정방법, 비교표준지, 이용상황, 공법상 제한, 개발 정도 및 가격시점 보정 등을 검토하여 감정가액이 객관적 교환가치를 적정하게 반영하는지 판단한다.

해당 사건에 대한 적용

문제 된 토지는 제주투자진흥지구로 지정되고 개발행위허가가 완료된 개발예정 부지였다. 일부 벌목이 이루어졌고 공사용 토사와 자재의 적치장으로 사용되는 등 자연림과는 차이가 있었다.

환송심은 원감정이 자연림인 비교표준지와 대상 토지 사이의 이용상황 및 공법상 제한의 차이를 충분히 반영하지 못하였다고 보았다. 반면 법원 감정은 유사한 개발사업이 예정된 토지를 비교표준지로 선정하고 관련 보정을 하여 객관적 교환가치를 더 적정하게 반영하였다고 판단하였다.

이에 따라 당초 감정가액 약 150억 원이 아니라 법원 감정가액 약 265억 원을 시가로 인정하였다. 재감정 사유가 입증되지 않았다는 판단과 당초 감정가액이 실제 시가를 가장 정확하게 반영한다는 판단은 구별된다.

입회보증금은 명목금액 전액이 아니라 현재가치로 평가한다

일반적인 판단 기준

관련 규정은 원본의 회수기간이 5년을 초과하는 입회금·보증금 등에 관하여 각 연도에 회수할 금액을 적정할인율로 할인한 현재가치의 합계액으로 평가하도록 한다.

해당 사건에 대한 적용

원고들은 입회보증금의 명목금액에서 현재가치를 뺀 차액도 향후 시설 이용 등의 용역을 제공할 의무에 대응하는 선수수익이므로 부채로 공제해야 한다고 주장하였다.

대법원은 이를 받아들이지 않았다. 순자산가액 계산에서 공제할 수 있는 금액은 관련 규정에 따라 현재가치로 평가한 입회보증금이며, 선수수익을 추가로 공제하여 결과적으로 입회보증금 전액을 부채 처리할 수는 없다고 판단하였다.

이는 주식가치 평가를 위한 세법상 부채 평가에 관한 판단이다. 회원에게 실제로 반환해야 할 계약상 보증금 자체를 줄인다는 의미는 아니다.

취소 범위는 새롭게 계산한 정당한 세액을 기준으로 정한다

일반적인 판단 기준

소송에서 제출된 자료로 정당한 세액을 계산할 수 있다면, 그 세액을 초과한 부분만 취소한다.

해당 사건에 대한 적용

환송심은 법원 감정가액을 적용하여 법인세와 소득금액을 다시 계산하고 초과 부분만 취소하였다. 당초 감정에 따른 합병비율에 경제적 합리성이 있다는 주장과 가산세 면제 주장도 받아들이지 않았다.

별도 쟁점이었던 일부 원고의 임원 급여에 관해서도, 등기이사라는 형식만 있을 뿐 실질적인 업무를 수행하지 않은 사정 등을 근거로 손금 인정 주장을 배척하였다.

실무적 유의점

재감정 요건과 감정가액의 적정성을 나누어 다투어야 한다. 과세관청에 재감정 사유가 없었다는 주장만으로 당초 신고가액이 확정되는 것은 아니다. 소송 중 법원 감정에 대한 대응도 필요하다.
원감정의 작성 경위를 보존해야 한다. 감정 의뢰 목적, 의뢰서, 기초자료, 감정기관과의 관계 및 평가심의위원회의 구체적인 자문 내용이 중요하다.
법원 감정 신청에는 허용 여부와 평가방법을 구분하여 대응해야 한다. 절차적 통제를 우회하는 신청인지 다투는 동시에, 감정이 실시될 경우 비교표준지와 보정방법에 관한 자료를 제출해야 한다.
토지의 개발 상태를 평가기준일에 맞추어 입증해야 한다. 용도지역뿐 아니라 개발허가, 투자진흥지구 지정, 벌목·공사 진행 정도, 기반시설 및 주변 개발 상황이 가치에 영향을 준다.
토지가액과 건설 중 자산의 중복 반영을 점검해야 한다. 개발비가 토지 가치 상승에 반영되어 있는지, 별도 자산으로 다시 더해지는지 확인해야 한다.
입회보증금의 회계처리와 세법상 평가를 구별해야 한다. 반환시기와 할인율을 확인하고, 선수수익이라는 회계상 명칭만으로 전액 공제를 전제하지 않아야 한다.
시가가 달라지면 원고별 정당세액을 다시 계산해야 한다. 법인세와 소득금액변동통지의 취소 범위는 각각 달라질 수 있으며, 같은 감정가액을 적용해도 일부 원고에게는 취소할 금액이 발생하지 않을 수 있다.

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