결손금 소급공제 환급세액의 환수와 부과제척기간

해당판례

대법원 2022. 11. 17. 선고 2019두51512 판결

사건명은 법인세경정고지처분취소이다. 대법원은 과세관청의 상고를 기각하여 원고 승소의 원심판결을 확정하였다.

다만 확정된 취소 범위는 약 75억 원의 부과처분 전부가 아니라, 원고가 취소를 구한 이자 상당액 3,850,371,610원 부분이다.

하급심

제1심인 서울행정법원 2018. 3. 30. 선고 2017구합72928 판결은 원고의 청구를 기각하였다.

서울고등법원 2019. 8. 14. 선고 2018누42957 판결은 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 인용하였다. 환급세액의 환수가 결손 발생연도인 2006 사업연도의 법인세 부과·징수처분에 해당하고, 이미 5년의 부과제척기간이 지났다고 판단하였다.

원심은 7,530,008,080원의 부과처분 중 환급원금 3,679,636,470원을 초과하는 부분을 취소하였다. 따라서 취소금액은 이자 상당액인 3,850,371,610원이다.

대법원은 원심의 판단을 유지하면서 다음 사항을 확인하였다.

환급세액과 이자 상당액을 법인세로 환수하려면 세액을 확정하는 부과절차가 필요하다.
당시의 경정청구 관련 특례제척기간은 경정청구 대상과 다른 사업연도에 대한 처분에는 적용되지 않는다.
의무불이행에 따른 추징을 전제로 하는 기산일 특례도 이 사건에는 적용되지 않는다.

상고기각으로 종결되었으므로 파기환송심은 없다. 환급원금 부분은 취소청구 범위에 포함되지 않았으므로, 원금 부분의 적법성까지 확정적으로 인정한 판결로 이해해서는 안 된다.

사실관계

주식회사 디케이코퍼레이션은 중소기업으로서 2005 사업연도에는 소득이 발생하여 법인세를 납부하였으나, 2006 사업연도에는 결손금이 발생하였다.

결손금 소급공제는 중소기업이 해당 연도의 결손금을 직전 사업연도의 소득에서 공제하는 방식으로 계산하여, 이미 납부한 직전 사업연도의 법인세를 일정 범위에서 환급받는 제도이다.

사건의 진행은 다음과 같다.

회사는 2007년 3월 무렵 2006 사업연도의 결손금을 이유로 소급공제 환급을 신청하여 3,679,636,470원을 환급받았다.
회사는 2014. 10. 16. 파산선고를 받았고, 원고가 파산관재인으로 선임되었다.
이후 2005 사업연도의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 화해권고결정이 확정되자, 파산관재인은 2016. 9. 1. 후발적 경정청구를 하였다.
역삼세무서장은 경정청구를 받아들여 2005 사업연도 법인세와 국세환급가산금 합계 4,035,527,260원을 환급하기로 결정하였다.
과세관청은 2005 사업연도의 법인세가 감소함에 따라 종전에 계산한 결손금 소급공제 환급액이 과다해졌다고 보았다. 이에 2016. 10. 17. 종전 환급원금과 이자 상당액을 합한 7,530,008,080원을 2006 사업연도의 법인세로 경정·고지하였다.

이 사건의 납세의무자는 회사이다. 파산관재인은 파산재단을 관리하는 지위에서 소송을 수행한 것이며, 파산관재인 개인의 소득에 대한 과세가 아니다.

분쟁의 중심은 과다환급액의 환수가 세액을 새로 확정하는 부과처분인지, 이미 확정된 금액을 회수하는 징수처분인지, 그리고 부과제척기간이 지났는지에 있었다.

법리

일반적인 판단 기준

조세채무가 성립하였다는 것과 국가가 구체적인 금액을 징수할 수 있다는 것은 구별된다. 과세관청이 조세채권을 행사하려면 신고·결정·경정 등을 통하여 구체적인 세액이 확정되어야 한다.

결손금 소급공제 환급세액을 법인세로 환수하는 경우에도 과세관청은 직전 사업연도의 세액 감소 여부를 판단하고, 환급세액을 다시 계산한 다음, 과다환급액과 이자 상당액을 확정하여야 한다. 따라서 이러한 환수처분에는 부과제척기간이 적용된다.

국세환급금 결정 취소에 따른 반환절차와 개별 세법에 따른 법인세 부과·징수절차는 계산방법과 절차가 다르다. 환급액을 회수한다는 경제적 결과가 같다는 이유만으로 두 절차를 동일하게 취급할 수 없다.

의무불이행에 따른 부과제척기간 기산일 특례는 일정한 의무의 이행을 조건으로 세제혜택을 받은 뒤 그 의무를 이행하지 않아 추징하는 경우 또는 이에 준하는 경우에 적용된다. 나중에 환수 필요성이 발생하였다는 사정만으로 적용되는 것은 아니다.

이 사건에 대한 적용

이 사건 처분은 결손금이 발생한 2006 사업연도의 법인세 부과·징수처분이다. 2016년에 환수사유가 발생하였다는 이유로 2016 사업연도의 법인세가 되는 것은 아니다.

원심은 부과제척기간의 기산일을 2007. 4. 1.로 보았고, 부정행위를 인정할 자료가 없어 5년의 부과제척기간을 적용하였다. 따라서 2016. 10. 17. 이루어진 처분은 이미 부과제척기간이 지난 뒤의 처분이었다. 대법원도 이 판단을 유지하였다.

또한 후발적 경정청구의 대상은 2005 사업연도였으나, 환수처분의 대상은 2006 사업연도였다. 당시 경정청구 관련 특례제척기간으로는 다른 사업연도의 부과제척기간까지 연장할 수 없었다.

회사가 세제혜택을 받으면서 부담한 사후 의무를 위반한 것도 아니었다. 따라서 후발적 경정청구일을 새로운 부과제척기간의 기산일로 삼을 수도 없었다.

현행법에 따른 판단과의 구별

현행법에서는 경정청구 대상과 연동된 다른 과세기간을 조정하는 특례가 마련되어 있다. 따라서 현재 발생한 유사 사건에서 “경정청구 연도와 환수 연도가 다르므로 특례를 적용할 수 없다”는 결론을 그대로 원용할 수는 없다.

현재 사건에서는 과세기간 사이의 연동관계, 경정청구일부터 2개월 이내의 처분 여부, 개정법 부칙의 적용 여부를 추가로 판단해야 한다. 판결이나 화해로 거래의 기초가 변경되었다면 판결 확정에 관한 별도의 특례도 검토해야 한다.

다만 현행법의 특례 신설은 환수처분에 부과제척기간이 적용된다는 이 판결의 기본 법리를 변경한 것은 아니다.

실무적 유의점

환급대상 사업연도, 결손 발생 사업연도, 후발적 경정청구 대상 사업연도를 구분해야 한다. 이 사건에서는 2005 사업연도와 2006 사업연도의 구별이 특례제척기간 적용을 좌우하였다.
환수고지서의 명칭만으로 처분의 성격을 판단해서는 안 된다. 환급결정 취소에 따른 반환인지, 과다환급액과 이자를 특정 사업연도의 법인세로 확정한 것인지 확인해야 한다.
부과제척기간을 다툴 때에는 신고기한, 최초 환급결정일, 경정청구일, 판결·화해 확정일, 환수처분일을 입증할 자료를 확보해야 한다. 현행법상 특례를 주장하는 경우에는 과세기간 사이의 연동관계와 개정법 적용 시점도 쟁점이 된다.
과거 거래에 관한 화해나 합의로 법인세 경정청구를 준비할 때에는 환급 예상액과 함께 기존 소급공제 환급액의 감소 및 환수 가능성을 계산해야 한다. 거래 상대방과 세금 부담이나 정산을 약정한다면 추가 세액과 이자의 부담 범위도 구분할 필요가 있다.
환급원금, 환수 시 가산되는 이자 상당액, 국가가 환급하면서 지급하는 국세환급가산금을 구별해야 한다. 이 사건은 이자 상당액 부분만 취소를 청구한 사건이므로, 판결 결과를 인용할 때 취소 범위를 정확히 표시해야 한다.
파산 후의 처분이라는 사정과 부과제척기간 경과 여부는 별개의 쟁점이다. 이 판결을 파산관재인의 경정청구로 발생하는 모든 환수채권의 법적 성격을 판단한 판결로 확대해서는 안 된다.

결손금 소급공제 환급세액의 환수와 부과제척기간

해당판례

관련판례

관련법령

사실관계

법리

실무적 유의점