해당 판례
대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 [법인세부과처분취소] — 재판장 김신, 주심 이기택 대법관
- 공2017상, 660
- 주문: 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송
- 원고(피상고인) 학교법인 근명학교, 피고(상고인) 안양세무서장
- 판시사항: 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러난 경우, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액을 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있는지 여부(적극)
심급 경과
※ 제1심 사건번호는 제출된 판결문에 표시되어 있지 않습니다. 서면 인용 시 확인이 필요합니다.
세액의 변동: 당초 728,560,800원 → 조세심판원 결정 취지 반영하여 2015. 2. 10. 530,853,450원으로 감액 → 환송 후 항소심에서 토지 취득가액을 1991. 1. 1. 기준 개별공시지가로 평가해야 한다는 원고 주장을 피고가 받아들여 494,699,084원으로 재감액(본세 268,887,425원 + 가산세 166,925,313원 + 감면 등 추가납부세액 58,886,346원).
관련 법령
- 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항(고유목적사업준비금의 손금산입), 제3항 제4호(손금계상 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 미사용 시 익금산입)
- ※ 환송 후 항소심은 같은 조항을 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제29조 제3항 제4호로 표기했다. 사업연도에 따라 적용 법률 판이 달라진 것이므로, 인용 시 대상 사업연도에 맞는 표기를 선택해야 한다.
- 구 법인세법 제3조 제1항 제1호, 제3항 제5호 — 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 제외한 고정자산의 처분수입은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득
- 법인세법 부칙(제5581호, 1998. 12. 28.) 제8조 제2항 — 취득가액의 의제(1991. 1. 1. 기준 개별공시지가)
- 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조
관련 판례
본 판결은 이후 대법원 2018. 5. 28. 선고 2018두32330 판결(대한지방행정공제회 부가금 사건)에서 고유목적사업준비금 제도의 취지에 관한 선례로 원용되었다. 그 사건은 "수익사업 소득을 고유목적사업에 지출하더라도 준비금 손금산입 한도액 범위에서만 손금에 산입할 수 있을 뿐, 납세자의 선택에 따라 수익에 대응하는 비용으로 손금산입할 수 없다"고 판시한 것으로, 입구(손금산입)를 다룬 판결이라면 본 판결은 출구(익금산입 시기)를 다룬 판결이라는 관계에 있다. 두 판결을 함께 정리해 두면 고유목적사업준비금 제도의 양 끝이 완성된다.
사실관계
당사자와 자산
- 원고는 1962. 3.경 중등교육과 실업에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 설립된 비영리내국법인(학교법인 근명학교)
- 설립 당시 이 사건 토지를 출연받은 이래 기본재산으로 보유
정관 구조
- 제1조: 설립목적은 대한민국의 교육이념에 의거하여 중등교육과 실업에 관한 전문교육을 실시하는 것
- 제6조 제1항: 자산을 기본재산과 보통재산으로 구분하되, 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분하여 관리
- 제32, 33조: 학교 운영을 위한 수익사업으로 농장, 수목재배 및 판매업과 임대업을 경영
자금의 흐름
- 2005. 4. 21. 이 사건 토지를 주식회사 렉스필드컨트리클럽에 1,632,033,000원에 매도
- 위 매각대금을 포함한 1,689,657,481원을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2005 사업연도 법인세 신고
- 이후 매각대금을 정기예금으로 예치하여 관리
- 2007. 11. 19.~12. 28. 관할 교육청 허가를 얻어 임대사업을 위하여 아파트를 1,676,901,250원에 취득하고 임대하여 수익을 올리기 시작
- 5년의 유예기간이 지나도록 위 금액 상당을 중등교육·실업 전문교육 사업에 지출하지 아니함
처분
- 2013. 3. 13. 피고는 2007. 3. 1.~2008. 2. 28. 사업연도 귀속 법인세를 부과(가산세 포함)
원고의 주장 구조
- 주위적: 조문상 5년의 유예기간이 도래하지 않았으므로 아파트 매입일이 속한 사업연도의 익금에 산입할 수 없다
- 예비적: 설령 5년 전 익금산입이 가능하다 하더라도, 2005년 당시 처분대금으로 고유목적사업용 재산이 아닌 정기예금반환채권을 취득했으므로 이미 2005년에 다른 용도로 사용한 것이 명확해졌고, 따라서 2007 사업연도에는 산입할 수 없다
- 아울러 토지 취득가액 평가 방법(1991. 1. 1. 기준 개별공시지가 적용)을 다투어 일부 감액을 관철
법리
[1] 고유목적사업준비금 제도의 구조와 취지
제29조 제1항(손금산입 허용)과 제3항 제4호(5년 내 미사용 시 익금산입)는 한 쌍의 규정이다. 비영리내국법인이 준비금으로 계상한 부분에 대해 고유목적사업에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신, 손금계상 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 그 기간 동안 과세를 이연함으로써 공익사업을 원활히 수행하도록 하려는 것이다.
[2] 익금산입 시기 — 이 판결의 핵심 법리
따라서 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다.
문언은 "5년이 되는 날까지 사용하지 아니한 때"라고 되어 있으나, 대법원은 이를 익금산입의 유일한 시점을 정한 규정이 아니라 과세이연의 종기를 정한 규정으로 읽었다. 과세이연의 전제 상실이라는 실질적 기준이 문언상의 기간을 앞당긴다.
[3] '고유목적사업에 사용'의 의미 — 임대사업(환송 후 항소심)
원고의 정관상 설립목적은 중등교육과 실업에 관한 전문교육이고 임대업은 명시적으로 수익사업이므로, 아파트를 취득하여 영위한 임대사업은 설립목적을 직접 수행하는 사업으로 볼 수 없고 수익사업에 해당한다.
나아가 비영리법인이 수행하는 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유목적사업의 재원조달에 충당된다 하여 그 수익성을 부정할 것은 아니므로, 임대사업으로 생긴 수입을 학교 운영비 등에 충당했더라도 이를 고유목적사업에 사용된 것으로 볼 수 없다(90누4327의 취지). 자금의 최종 용도가 아니라 사업 자체의 성질이 기준이다.
[4] 정기예금 예치의 성격 — 원고의 예비적 주장 배척
예금이나 적금 등은 현금성 자산으로서, 고유목적사업준비금을 은행에 예치하는 것은 준비금을 운용하는 방법 중 하나일 뿐이다. 나아가 원고 스스로 2005 사업연도 법인세를 신고하면서 "정기예금으로 예치함으로써 고유목적사업 외의 용도로 사용했다"고 신고하지 않고 고유목적사업준비금으로 설정했다고 신고했다. 따라서 정기예금 예치는 고유목적사업 이외의 용도로 사용한 것에 해당하지 않는다.
즉 자금의 형태를 바꾸는 것(현금 → 예금)은 용도 전용이 아니고, 수익사업용 자산을 취득하는 것(예금 → 임대용 아파트)이 용도 전용이라는 구분이다. 여기서도 납세자 자신의 신고 내용이 판단 근거로 원용되었다.
[5] 이 사건에의 적용
토지 매각대금으로 아파트를 매입하여 고유목적사업이 아닌 임대사업에 사용한 이상, 그때 이미 매각대금을 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명해졌으므로, 그 사유가 발생한 2007 사업연도의 익금에 산입할 수 있다.
실무적 유의점
비영리법인(학교법인·의료법인·사회복지법인·협회 등) 측
- 준비금 설정보다 훨씬 중요한 것이 그 이후의 자금 운용이다. 손금산입은 신고 한 번으로 끝나지만, 이후 5년간 그 자금이 어디로 흘러가는지가 계속 추적된다. 준비금 상당액의 자금 이동 내역을 별도 관리대장으로 관리하는 것이 필수적이다.
- 수익용 자산 취득은 익금산입 사유가 된다. 특히 교육청·주무관청의 허가를 받았다는 사정은 세법상 아무런 방어가 되지 못한다. 이 사건에서도 교육청 허가를 받아 아파트를 취득했으나 결론에 영향을 주지 않았다. 감독관청의 승인과 세법상 고유목적사업 해당성은 별개다.
- "수익으로 학교를 운영한다"는 논리는 통하지 않는다. 수익사업 소득을 고유목적사업 재원에 충당하더라도 그 사업의 수익성은 부정되지 않으므로, 임대·투자 등을 통해 간접적으로 고유목적사업에 기여한다는 주장은 배척된다.
- 정관이 스스로 만든 함정을 주의하라. 이 사건에서 결정적이었던 것은 정관이 임대업을 '수익사업'으로 명시하고 있었다는 점이다. 정관의 목적사업 조항과 수익사업 조항을 점검하고, 실제 수행 사업이 어느 쪽에 분류되는지를 확인해 두어야 한다.
- 자금 형태의 변경(예금 예치 등)은 용도 전용이 아니다. 이는 유리한 측면이다. 준비금을 즉시 지출하지 못하는 경우 현금성 자산으로 보유하는 것 자체는 안전하며, 수익용 부동산·주식 등 사업용 자산으로 전환하는 순간이 위험 시점이다.
- 신고서의 기재 내용이 사후 주장을 구속한다. 이 사건에서 납세자가 "2005년에 이미 전용했다"고 주장했으나, 자신이 그해 신고서에 준비금으로 설정했다고 기재한 사실 때문에 배척되었다. 앞서 본 2018두32330(공제회 부가금)에서도 동일한 구조가 반복되었다. 회계처리와 신고 내용은 일관성 있게 설계해야 한다.
- 익금산입 시점을 앞당겨 부과제척기간 도과를 노리는 전략은 입증 부담이 크다. 전용 시점을 이르게 잡으려면 그 시점에 고유목적사업 지출이 불가능해졌음이 객관적으로 분명해야 하는데, 자금 형태 변경만으로는 부족하다.
- 취득가액 평가 방법은 별도로 다툴 실익이 있다. 이 사건에서 납세자는 본안에서는 졌으나, 1991. 1. 1. 기준 개별공시지가 적용 주장을 관철해 세액을 728,560,800원에서 494,699,084원으로 줄였다. 오래 보유한 자산의 처분이익 과세에서는 취득가액 의제 규정을 반드시 검토할 것.
과세관청 측
- 5년을 기다릴 필요가 없다. 유예기간 중이라도 수익사업용 자산 취득 등 용도 전용이 확인된 시점에 그 사업연도의 익금에 산입할 수 있다. 다만 "더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러났는지"를 구체적으로 특정해 논증해야 한다.
- 논증 순서는 ⓐ 정관상 목적사업과 수익사업의 구분 확인 → ⓑ 문제된 자산·사업이 어느 쪽인지 판단 → ⓒ 준비금 상당액과 취득자금의 동일성 확인이다. 이 사건에서 매각대금(16억 3,203만 원)과 아파트 취득가액(16억 7,690만 원)이 거의 일치한 점이 동일성 판단을 쉽게 했다.
절차·조문상
- 적용 법률판의 표기에 주의할 것. 대법원은 "구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)", 환송 후 항소심은 "구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)"으로 각각 표기했다. 대상 사업연도에 시행 중이던 법률판을 기준으로 표기해야 한다.
- 제29조의 기본 구조(손금산입 한도 + 5년 내 사용 의무 + 미사용 시 익금산입)는 현행 법인세법에서도 유지되고 있어 현재 사안에 원용 가능하다. 다만 한도액 산정 방식과 각 호의 순서는 개정 연혁을 확인해야 한다.