칼럼

주식의 포괄적 교환에 따른 양도소득세와 실지양도가액의 산정

핵심 결론 주식의 포괄적 교환도 양도소득세의 과세대상이다. 주식가치를 평가하여 교환비율을 정한 가치적 교환에서는 교환으로 취득한 주식의 약정가액을 실지양도가액으로 인정할 수 있다.
이 자료는 서권식 변호사가 실무를 처리하면서 참조한 판례를 바탕으로, 실무상 유의할 점에 주안점을 두고 법리적 쟁점을 정리한 것입니다. 본문의 판례는 국가법령정보센터에 원문이 실려 있으면 그 원문으로 연결됩니다. 공개되지 않은 하급심·환송심 판결은 판결문을 직접 확보하여 정리합니다.
주요 판례·법령 2015두3577, 2009두19465, 2011두22075

해당판례

대법원 2016. 3. 10. 선고 2015두3577 판결
사건명은 ‘증여세부과처분취소’이지만, 실제로는 주식의 포괄적 교환에 따른 양도소득세와 여러 증여세 부과처분이 함께 다투어졌다. 대법원은 원고들의 상고를 기각하고, 과세관청이 이미 직권취소한 처분에 관한 부분은 직접 소를 각하하였다.
하급심
제1심은 수원지방법원 2014. 7. 16. 선고 2012구합7609 판결이고, 원심은 서울고등법원 2015. 9. 1. 선고 2014누6700 판결이다.
원심과 대법원의 판단은 과세처분별로 구분해야 한다.
다투어진 과세처분원심의 판단대법원의 판단
원고 1의 2006년 포괄적 주식교환에 따른 양도소득세유상양도에 해당하며, 교환계약의 평가액을 기준으로 한 과세가 적법원심 판단 유지
원고 1의 2005년 주식 저가취득에 따른 증여세실제 취득자는 회사가 아니라 원고 1이므로 과세가 적법원심 판단 유지
원고 2의 2005년 주식 수증에 따른 증여세원고 1로부터 주식을 증여받았으므로 과세가 적법원심 판단 유지
원고들에 대한 2006년 포괄적 주식교환 이익의 증여세비특수관계인 사이의 거래이고, 거래관행상 정당한 사유가 없다고 보기 어려우므로 과세가 위법과세관청이 처분을 이미 직권취소하여 해당 부분 소를 각하
과세관청은 상고 후인 2015. 10. 28. 원심에서 패소한 부분의 과세처분을 직권취소하였다. 이에 대법원은 이미 없어진 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 판단하였다.
따라서 일부 파기는 증여세 과세의 적법성을 다시 인정한 것이 아니다. 대법원이 직접 재판한 파기자판 사건으로, 파기환송심은 없다. 또한 포괄적 주식교환 이익에 관한 증여세의 실체적 판단은 원심의 판단과 대법원의 절차적 판단을 구별하여 인용해야 한다. 대법원 판결

관련판례

  • 대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 포괄적 주식교환에서 취득한 상대방 회사 주식의 가액과 단주 처분대금 등을 실지양도가액으로 인정한 판결이다. 이 사건 대법원이 가치적 교환과 실지거래가액에 관한 법리의 근거로 직접 인용하였다.
  • 대법원 2011. 12. 22. 선고 2011두22075 판결 비특수관계인 사이의 거래에서 ‘거래의 관행상 정당한 사유가 없다’는 점은 원칙적으로 과세관청이 증명해야 한다고 판단하였다. 이 사건 원심이 포괄적 주식교환 이익에 대한 증여세를 판단하면서 인용하였다. 다만 선행판결의 직접 적용 조항은 저가·고가 양도에 관한 규정이고, 이 사건 원심은 그 증명책임 법리를 조직변경 등에 따른 이익의 증여 문제에 원용하였다.

관련법령

판결에 적용된 구법과 현재 거래에서 검토할 현행법을 구분한다. 구 소득세법의 개정 전 표시는 국가법령정보센터의 해당 판례에 기재된 문구를 그대로 따랐다.
첨부된 원심 판결은 상속세 및 증여세법을 ‘구 상증세법’으로만 표시하고 개정 전 기준을 다시 기재하지 않는다. 따라서 아래 상속세 및 증여세법의 공포일·법률번호는 판결문 문구의 인용이 아닌 사건 당시 연혁의 표시이다. 일부 연혁 페이지의 본문은 이번 확인 과정에서 직접 열람되지 않았다.

판결의 적용 조문

조문사건과의 관계
구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제96조양도가액 및 실지거래가액 판단의 근거. 대법원이 명시한 참조조문이다.
구 상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호) 제35조주식의 저가취득에 따른 증여이익과 관련된다.
구 상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호) 제39조 제1항 제1호 다목과세관청이 포괄적 주식교환 이익에 대한 증여세의 당초 근거로 삼았던 증자이익 규정이다. 원심에서는 과세근거를 변경하였다.
구 상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호) 제42조 제1항 제3호과세관청이 원심에서 변경하여 주장한 포괄적 주식교환 등에 따른 이익의 과세근거이다.
구 상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호) 제42조 제3항비특수관계인 사이의 거래에 거래관행상 정당한 사유가 있는 경우의 과세 제외 규정이다. 원심 판단의 핵심이다.
첨부 원심 판결의 결론 부분에 나오는 ‘제43조 제3항’은 앞선 주장과 판단 내용에 비추어 ‘제42조 제3항’의 오기로 읽어야 한다.
현행법과의 관계
  • 소득세법 제88조 제1호: 교환 등으로 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우를 양도에 포함한다.
  • 소득세법 제96조 제1항: 양도가액의 실지거래가액 원칙을 규정한다.
  • 상속세 및 증여세법 제42조의2: 현재 포괄적 주식교환 등 법인의 조직 변경에 따른 이익의 증여를 검토할 조문이다. 종전 제42조의 관련 규정은 2015. 12. 15. 법률 제13557호 개정으로 재편되어 2016. 1. 1.부터 시행되었다. 구법 제42조 제1항 제3호를 현행 조문처럼 표시해서는 안 된다.
  • 조세특례제한법 제38조 제1항: 일정한 요건을 갖춘 포괄적 주식교환·이전의 주식양도차익에 대해 과세이연을 인정한다. 이 사건에서 직접 적용하여 판단한 조문은 아니며, 현재의 거래에서 별도로 검토할 특례이다.
현행 조세특례제한법 제38조 제1항은 사업기간, 주식대가 비율, 주식 보유 및 사업 계속 등의 요건을 정한다. 따라서 현재 포괄적 주식교환을 한다면 이 판결의 양도 해당성 판단과 함께 과세이연 요건 충족 여부를 검토해야 한다.

사실관계

원고들은 비상장회사 주식을 보유한 개인 주주들이고, 피고는 동수원세무서장이다. 이해를 위해 비상장회사를 ‘A회사’, 교환 상대방인 코스닥 상장회사를 ‘B회사’라고 한다.
  1. 원고 1은 제3자로부터 A회사 주식 41,510주를 저가로 취득하였다. 이어 2005. 8. 9. 원고 2는 원고 1로부터 그중 13,210주를 증여받았다. 과세관청은 원고 1의 저가취득 이익과 원고 2의 주식 수증에 대해 각각 증여세를 부과하였다.
이후 A회사와 B회사는 2006. 3. 20. 포괄적 주식교환계약을 체결하고, 2006. 5. 31. 주식교환을 실행하였다. 회계법인이 양 회사 주식의 가치를 평가하였고, 그 평가를 토대로 교환조건을 정하였다.
원고 1은 보유하던 A회사 주식 127,486주를 넘기고 B회사 주식 7,118,298주를 받았다. 과세관청은 교환계약에서 정한 평가액으로 계산한 B회사 주식의 가액을 원고 1의 실지양도가액으로 보아 양도소득세를 부과하였다.
원고들은 포괄적 주식교환이 회사의 조직에 관한 행위여서 과세대상 양도가 아니고, 계약상 교환가격도 곧바로 실지양도가액으로 볼 수 없다고 주장하였다. 2005년 주식취득에 대해서는 실제 취득자가 A회사이거나 원고들이 처음부터 나누어 취득한 것이라고 다투었다. 대법원 판결

법리

일반적인 판단 기준
포괄적 주식교환으로 개인 주주가 보유주식을 이전하고 상대방 회사 주식을 받으면 자산의 유상이전에 해당한다. 현금을 받지 않았거나 회사 조직에 관한 절차를 거쳤다는 사정만으로 양도소득세 과세대상에서 제외되지 않는다.
실지거래가액은 일반적인 시가와 구별된다. 실제 거래에서 대가로 약정한 금액이 기준이다. 교환대상의 금전가치를 평가하고 그 가치를 기준으로 대가를 정한 교환이라면 실지거래가액을 확인할 수 있다. 이때 교환으로 받은 자산의 금전가치와 추가로 받은 현금 등이 넘긴 자산의 실지양도가액이 된다. 대법원 2009두19465 판결
이 사건에 대한 적용
회계법인이 양 회사 주식의 1주당 가치를 평가하였고, 그 평가된 가치에 대응하는 수량의 B회사 주식이 교부되었다. 대법원은 이를 합의된 가치적 교환으로 인정하였다.
따라서 원고 1의 양도가액은 다음과 같은 구조로 산정된다.
교환으로 받은 B회사 주식 7,118,298주 × 교환계약에서 정한 B회사 주식의 1주당 평가액
이는 양도가액의 산정 방식이다. 받은 주식의 가액 전체가 곧 양도차익이 되는 것은 아니며, 양도차익을 계산할 때에는 넘긴 A회사 주식의 취득가액 등도 반영해야 한다.
2005년 증여세에 대해서는 원고 1이 주식 전부를 저가로 취득한 뒤 일부를 원고 2에게 증여한 것으로 인정하였다. 각각 다른 취득행위와 수증자를 대상으로 한 과세이므로 원고들의 소득 귀속 및 이중과세 관련 주장을 받아들이지 않았다.
포괄적 주식교환 이익에 관한 원심의 증여세 판단
원심은 양 회사 사이에 특수관계가 있다는 자료가 없고, 회계법인의 평가가 비합리적이라는 사정도 확인되지 않는다고 보았다. 이에 거래관행상 정당한 사유가 없다는 점이 증명되지 않았다고 판단하였다.
이 부분은 원심의 판단이다. 대법원은 처분의 직권취소에 따라 소를 각하했으므로, 원심의 증여세 과세요건 판단을 대법원이 본안에서 확정적으로 승인한 것처럼 설명해서는 안 된다.

실무적 유의점

  • 과세대상을 주주별·거래별로 나누어야 한다. 주주의 주식 양도차익, 저가취득에 따른 이익, 다른 주주로부터 받은 증여재산은 각각 검토한다.
  • 교환계약과 평가자료를 함께 보관해야 한다. 주당 평가액, 평가기준일, 교환비율, 교부주식 수, 단주 정산 및 추가 현금대가가 서로 연결되어야 한다.
  • 평가보고서의 존재만으로 과세 문제가 모두 해결되지는 않는다. 실제 약정대가인지, 평가가 합리적인지, 특정인에게 이익을 이전한 사정이 있는지를 구분하여 검토한다.
  • 증여세 분쟁에서는 거래조건의 합리성을 설명할 자료가 중요하다. 독립적인 협상 과정, 거래 목적, 외부평가 및 이사회 검토자료 등이 정당한 사유를 뒷받침할 수 있다.
  • 주식의 실제 취득자를 확인해야 한다. 취득대금의 부담자, 계약 내용, 주주명부, 의결권·배당권 행사 및 후속 이전 경위가 주요 입증자료가 된다.
  • 현재 거래는 과세이연을 별도로 검토해야 한다. 조세특례제한법 제38조의 요건과 사후관리 조건을 거래 설계 단계에서 확인해야 한다.
  • 소송 중 직권취소가 있으면 남은 처분 범위를 확인해야 한다. 취소된 부분은 소의 이익이 없어질 수 있으므로, 경정결정서에 따라 본세·가산세 및 남은 청구 범위를 정리해야 한다.
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M&A · 기업인수합병 대우건설·대우인터내셔널 매각 등 대형 M&A와 국내외 기업인수 경험을 바탕으로 주식매매, 영업양수도, 경영권 양도, 법률실사, 계약협상 및 M&A 분쟁을 자문합니다. 해당 분야 전체 자료 보기 →

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