판례가 바뀌면 이미 낸 세금을 돌려받을 수 있나 — 법령 해석의 변경과 후발적 경정청구

1. 해당 판례

사건: 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 [법인세경정거부처분취소] (공2015상, 75)
주문: 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
재판부: 대법관 이상훈(재판장), 신영철, 김창석, 조희대(주심)
당사자: 원고(상고인) 주식회사 국민은행 / 피고(피상고인) 영등포세무서장
결론: 동종 쟁점에 관하여 다른 판단을 한 판결이 나왔다는 사유는 법령 해석이 달라진 것에 불과하여 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 보아, 경정청구 거부처분을 적법하다고 한 원심을 유지

2. 하급심

원심: 서울고등법원 2012. 11. 21. 선고 2012누14189 판결
원심은 제1심판결 이유를 인용하여 사실을 인정한 다음, 합병 전 주식회사 국민은행의 1999 사업연도 법인세에 대한 판결에서 동종 쟁점에 관하여 다른 판단이 이루어졌다는 사유는 합병 전 주식회사 주택은행의 1998 내지 2001 각 사업연도 법인세 신고 이후에 관계 법령에 대한 해석이 달라졌다는 사유에 불과하다고 보아, 원고의 경정청구를 거부한 처분이 적법하다고 판단하였습니다.
판결문상 제1심 사건번호는 표시되어 있지 않습니다.

3. 관련 판례

판결 이유에서 인용된 판례

대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 — 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자가 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다고 본 선례

이 판결을 참조판례로 인용한 후속 판례

대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 — 이 판결의 법리를 이어받아, 법령 해석의 변경이 후발적 경정청구사유가 아닌 이상 납세의무자가 후발적 경정청구사유의 존재를 이유로 경정청구를 하는 경우 그 기산점은 '해당 사유가 발생하였다는 사실을 안 날'이지 '판례가 변경되었음을 안 날'이 아니라고 판시

4. 관련 법령

판결 이유에서 원용된 조문

국세기본법 제45조의2 제2항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자가 각 호의 사유가 발생하였을 때 제1항의 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하면서, 제1호에서 '최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때', 제5호에서 '제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때'를 들고 있습니다.

국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임에 따라 국세기본법 시행령 제25조의2는 각 호에서 다음을 규정하고 있습니다.

제1호: 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
제2호: 위 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
제3호: 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
제4호: 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

이 판결에는 구법 표시가 없고 국세기본법과 국세기본법 시행령을 그대로 인용하고 있습니다. 다만 국세기본법 제45조의2와 국세기본법 시행령 제25조의2는 그 후 여러 차례 개정되었으므로, 현행 사안에 적용할 때에는 현행 조문과 경정청구기간을 별도로 확인하여야 합니다.

5. 사실관계

(1) 당사자 구조

원고 주식회사 국민은행은 합병으로 존속하는 법인이며, 합병 전 주식회사 국민은행과 합병 전 주식회사 주택은행이 각각 법인세를 신고·납부하였습니다.

(2) 문제 된 신고

합병 전 주식회사 주택은행은 1998 내지 2001 각 사업연도 법인세를 신고하였습니다.

(3) 다른 판단을 한 판결의 등장

그 후 합병 전 주식회사 국민은행의 1999 사업연도 법인세에 관한 판결에서 동종 쟁점에 관하여 다른 판단이 이루어졌습니다.

(4) 경정청구와 거부

원고는 위 판결을 근거로 합병 전 주식회사 주택은행이 신고한 각 사업연도 법인세에 관하여 후발적 경정청구를 하였고, 피고 영등포세무서장이 이를 거부하자 그 취소를 구하는 소를 제기하였습니다.

6. 법리

(1) 후발적 경정청구제도의 취지

국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우, 납세자가 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있습니다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결).

(2) 포함되는 사유와 포함되지 않는 사유

후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것입니다. 따라서

포함될 수 있는 사유: 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등 (국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호)
포함되지 않는 사유: 법령에 대한 해석이 최초의 신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유

구분의 기준은 '사실관계나 법률관계 자체가 사후에 변동되었는가'입니다. 판결로 계약이 해제되거나 처분이 취소되어 과세의 기초가 되는 거래·행위 자체가 달라졌다면 후발적 사유이지만, 거래·행위는 그대로인 채 그에 대한 법적 평가만 달라진 경우는 후발적 사유가 아닙니다.

(3) 제2항 제1호의 '판결'과의 구별

국세기본법 제45조의2 제2항 제1호는 '과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'를 후발적 사유로 규정합니다. 여기서의 판결은 당해 거래나 행위의 존부·효력을 다른 것으로 확정한 판결을 말하는 것이지, 동종 쟁점에 관하여 법령을 달리 해석한 다른 사건의 판결을 뜻하는 것이 아닙니다. 원고가 근거로 삼은 판결은 후자에 해당하였습니다.

(4) 이 사건에의 적용

합병 전 주식회사 국민은행의 1999 사업연도 법인세에 관한 판결에서 동종 쟁점에 다른 판단이 이루어졌다는 사정은, 합병 전 주식회사 주택은행의 1998 내지 2001 각 사업연도 법인세 신고 이후에 관계 법령에 대한 해석이 달라졌다는 사유에 불과하므로, 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호와 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호가 정한 후발적 경정청구 사유로 볼 수 없습니다.

7. 실무상 시사점

유리한 판례가 나왔다는 것만으로는 이미 확정된 세액을 되돌릴 수 없습니다. 이 판결은 판례 변경이나 다른 사건에서의 승소를 근거로 한 소급 환급의 길을 사실상 차단합니다.
통상의 경정청구기간 관리가 훨씬 중요해집니다. 법정신고기한이 지난 후 일정 기간 내에 하는 통상의 경정청구를 놓치면, 이후 유리한 판례가 나와도 후발적 경정청구로는 구제받기 어렵습니다.
쟁점이 다투어지고 있는 사안은 방어적으로 경정청구를 해 두어야 합니다. 계열사·관계회사나 다른 사업연도에서 같은 쟁점이 다투어지고 있다면, 판결을 기다리지 말고 각 신고분에 대하여 기간 내에 경정청구를 제기해 두는 것이 유일한 보전 수단입니다.
합병으로 존속하는 법인은 피합병법인의 신고분까지 함께 관리해야 합니다. 이 사건은 합병 전 두 은행의 신고분이 서로 다른 취급을 받게 된 사안으로, 합병 실사 단계에서 조세 쟁점별 경정청구 가능 기간을 점검할 필요를 보여줍니다.
후발적 사유가 실제로 있는 경우에는 기산점을 놓치지 말아야 합니다. 후속 판례(대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결)에 따르면 기산점은 '해당 사유가 발생하였다는 사실을 안 날'이지 관련 판례가 변경된 날이 아니므로, 판례 변경 소식을 접한 뒤에 청구하면 이미 기간이 지나 있을 수 있습니다.

본 게시물은 공개된 판결의 내용을 정리한 일반적인 법률정보로, 구체적 사건에 대한 법률자문이 아닙니다. 개별 사안은 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 별도의 상담을 받으시기 바랍니다.