해당판례
사건명: 부가가치세경정청구거부처분취소.
대법원은 성북세무서장의 상고를 기각하였다. 이에 따라 수정세금계산서에 기초한 매입세액 공제를 인정하고 경정청구 거부처분을 취소한 원심판결이 확정되었다.
하급심
제1심은 원고의 청구를 기각하였으나, 원심은 실제 공사용역을 공급받은 자가 학교법인이고 대학교 명의의 기재는 착오에 해당한다고 보아 제1심판결을 취소하였다.
원심은 공사계약서의 명의뿐 아니라 토지와 건축물의 소유관계, 인허가 명의, 수익사업의 주체 및 대금 지급·회계처리 경위를 종합하였다. 대학교 명의로 계약하고 그 회계를 통하여 대금을 지급하였다는 사정만으로 학교법인이 실제 공급받는 자라는 점을 부정할 수 없다고 판단하였다.
원고는 당초 2004년 제1기부터 2006년 제1기까지 부가가치세 합계 1,640,876,584원의 환급을 구하였다. 다만 항소심에서 수정세금계산서를 받지 않은 세액 152,727,273원에 관한 청구를 제외하였다. 원심이 취소한 거부처분의 대상 세액은 나머지 합계 1,488,149,311원이다.
따라서 제외된 152,727,273원에 관하여 항소심이 매입세액 공제 불가라는 본안판단을 내렸다고 정리해서는 안 된다.
대법원은 원심의 판단을 유지하였으며, 파기환송심은 없다.
관련판례
서울고등법원 2009. 6. 3. 선고 2008누33558 판결은 대상판결의 직접적인 원심으로, 공급받는 자의 착오를 인정한 구체적인 사실판단을 제시한다. 대법원은 이러한 사실관계와 판단을 받아들이면서 사업장별 과세원칙에 관한 법리오해도 없다고 판단하였다.
대상판결은 별도의 선행판례를 명시적으로 인용하지 않았다.
관련법령
- 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 사업자가 재화 또는 용역을 공급하면 공급받는 자의 등록번호 등 법정 기재사항을 기재한 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하도록 정한 규정이다.
- 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제21조 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액의 경정에 관한 규정이다. 당시 시행령은 이 조항에 따른 경정통지 전까지 수정세금계산서를 교부할 수 있도록 정하고 있었다.
- 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 세금계산서를 교부한 후 기재사항에 착오 또는 정정사유가 발생하면, 법정 요건에 따라 수정세금계산서를 교부할 수 있도록 정한 규정이다. 이 사건의 직접적인 판단 근거이다.
사실관계
원고는 사립대학교를 설립·운영하는 학교법인이다. 원고는 대학교 안에서 수익사업을 하기 위하여 주차장과 종합복지관을 신축하였다. 대학교는 원고가 운영하는 학교로서, 원고와 별개의 독립된 법인이 아니었다.
원고는 공사업체 등과 건축설계·공사감리 및 신축공사 계약을 체결하였다. 계약 체결일은 건축설계·공사감리가 2002년 1월 16일, 주차장 신축공사가 2003년 2월 19일, 종합복지관 신축공사가 2004년 3월 11일이었다. 다만 계약서에는 건축주 또는 도급인이 학교법인이 아닌 대학교로 기재되었다.
공사 부지와 신축 건축물의 소유자는 학교법인이었고, 공사에 필요한 인허가도 학교법인 명의로 받았다. 원고는 주차장과 종합복지관 운영 등 수익사업을 위하여 부가가치세 과세사업자 등록을 신청하고, 2004년 3월 9일 사업자등록증을 교부받았다.
그러나 공사업체 등은 계약서의 명의를 따라 공급받는 자를 대학교로, 등록번호를 대학교의 고유번호로 기재한 세금계산서를 발급하였다. 쟁점이 된 세금계산서는 2004년 3월 30일부터 2006년 1월 27일까지 발급된 31장이었다. 원고는 당초 부가가치세 신고에서 이에 따른 매입세액을 공제받지 않았다.
원고는 이후 계약서의 건축주 또는 도급인 명의를 학교법인으로 바로잡았다. 이어 2006년 12월경 공사업체 등으로부터 거래처 착오를 정정하는 수정세금계산서를 받았다.
원고는 2007년 1월 23일 수정세금계산서를 근거로 매입세액 공제와 세액 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 성북세무서장은 이를 수정세금계산서 발급이 허용되는 착오로 볼 수 없다는 이유로 2007년 4월 16일 거부하였다.
분쟁의 핵심은 공사 완료 후 거래당사자를 학교법인으로 바꾼 것인지, 아니면 처음부터 학교법인이 실제 공급받는 자였는데 계약서와 세금계산서의 명의만 잘못 기재된 것인지였다. 법원은 후자에 해당한다고 판단하였다.
법리
공급받는 자는 실제 거래관계에 따라 판단한다
일반적인 판단 기준
세금계산서는 실제 재화나 용역을 공급받은 자를 기준으로 발급하여야 한다. 계약서의 명의는 중요한 자료이지만, 그것만으로 실제 공급받는 자가 확정되는 것은 아니다. 계약 내용, 재산의 소유관계, 사업의 귀속 및 거래 경위를 함께 살펴야 한다.
해당 사건에 대한 적용
공사 대상 토지와 건축물은 학교법인 소유이고 인허가도 학교법인 명의였다. 공사 목적 역시 학교법인이 과세사업자로 등록하여 수행하는 수익사업이었다. 이에 따라 계약서상 대학교 명의에도 불구하고 실제 공사용역을 공급받은 자는 학교법인으로 인정되었다.
공급받는 자의 명의·등록번호 착오도 수정사유가 될 수 있다
일반적인 판단 기준
당시 시행령은 세금계산서의 기재사항에 착오가 있는 경우 수정을 허용하였다. 공급받는 자의 명의나 등록번호에 관한 오류도 실제 거래내용과 착오의 경위가 확인되는 경우 수정사유가 될 수 있다.
해당 사건에 대한 적용
학교법인이 계약서에 대학교를 도급인으로 잘못 표시하면서 공사업체도 이에 따라 세금계산서에 대학교 명칭과 고유번호를 기재하였다. 법원은 이러한 경위를 공급받는 자에 관한 기재상의 착오로 인정하였다.
사후에 계약서를 고쳤다는 사실만으로 공제를 인정한 것이 아니라, 당초부터 실제 거래당사자가 학교법인이었다는 점이 인정되었기 때문에 수정세금계산서를 적법하다고 본 것이다.
사업장별 과세원칙도 착오 정정을 당연히 배제하지 않는다
일반적인 판단 기준
부가가치세를 사업장별로 신고·납부한다는 원칙과 세금계산서상 실제 공급받는 자를 확정하는 문제는 구별된다. 사업장별 과세원칙을 이유로 실제 거래관계에 부합하는 수정까지 일률적으로 배제할 수는 없다.
해당 사건에 대한 적용
대학교의 고유번호가 사용되었더라도 쟁점 공사는 학교법인의 과세사업에 관련되었다. 학교법인을 공급받는 자로 바로잡는 것은 실제 거래관계를 반영하는 것이므로 사업장별 과세원칙에 어긋나지 않는다고 판단하였다.
거래질서의 혼란과 악용 가능성도 고려한다
일반적인 판단 기준
공급받는 자의 수정을 허용할 때에는 실제 거래의 확인 가능성과 부가가치세 체계의 혼란 또는 악용 가능성을 함께 고려한다.
해당 사건에 대한 적용
이 사건은 학교법인 산하 대학교의 명칭과 고유번호를 잘못 사용한 경우였다. 법원은 이를 바로잡아 매입세액을 공제하더라도 거래질서를 어지럽히거나 부가가치세 제도를 악용할 우려가 없다고 보았다.
실무적 유의점
- 실제 공급받는 자를 입증하려면 계약서뿐 아니라 등기자료, 인허가 서류, 사업자등록, 자금 지급내역 및 사업 귀속 자료를 함께 확보해야 한다.
- 수정계약서와 수정세금계산서만으로는 충분하지 않다. 최초 거래 당시부터 누구에게 용역이 공급되었는지, 잘못된 명의가 사용된 이유가 무엇인지 설명할 수 있어야 한다.
- 학교법인과 산하 학교처럼 회계가 구분되는 경우에는 회계처리의 주체와 법률상 거래당사자를 구별해야 한다. 특정 회계에서 대금을 지급하였다는 사실만으로 공급받는 자가 확정되는 것은 아니다.
- 이 판결을 서로 다른 독립 법인 사이에서 매입세액을 자유롭게 이전할 수 있다는 취지로 확대해서는 안 된다. 실제 공급받는 자가 다른 법인이라면 판단의 전제가 달라진다.
- 당시 수정세금계산서 발급시기에 관한 규정을 현재 거래에 그대로 적용해서는 안 된다. 실제 사건에서는 거래 당시 적용 법령에 따른 수정사유·발급시기와 경정청구기간을 각각 확인해야 한다.