칼럼

합병 과정에서 세법상 영업권을 입증하기 위한 가치평가 자료

핵심 결론 세법상 영업권을 인정받으려면 합병법인이 피합병법인의 상호·거래관계·기술·영업비밀 등 무형적 사업가치를 합병 당시 평가하고, 그 가치 때문에 순자산가액을 초과하는 대가를 지급했다는 점이 객관적인 자료로 연결되어야 한다.

다만 별도의 영업권 평가보고서나 독립된 초과수익력 계산이 반드시 필요한 것은 아니다. 합병 경위, 피합병법인의 수익성, 합병비율 산정자료, 이사회 검토자료 및 세무처리가 일관되게 사업가치 평가와 대가지급을 뒷받침하면 인정될 수 있다.
이 자료는 서권식 변호사가 실무를 처리하면서 참조한 판례를 바탕으로, 실무상 유의할 점에 주안점을 두고 법리적 쟁점을 정리한 것입니다.
주요 판례·법령 2015두41463, 2017두54791

핵심 결론

관련 판례·법령
대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결 — 회계상 영업권 계상만으로 세법상 영업권을 인정할 수 없다는 판결
대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 — 별도의 적극적인 초과수익력 계산이 반드시 필요한 것은 아니라는 판결

법인세법 제44조의2 — 비적격합병 시 피합병법인에 대한 과세

법인세법 시행령 제80조의3 — 비적격합병에서 매수차손·매수차익의 처리

1. 합병 목적과 경위를 입증하는 자료

가장 먼저 합병이 단순한 계열사 구조조정이나 부실회사 지원이 아니라, 피합병법인이 보유한 사업가치를 취득하기 위한 거래였다는 점이 확인되어야 한다.
필요한 자료는 다음과 같다.
합병 추진계획서
합병 타당성 검토보고서
경영진의 합병 제안서
이사회 의사록과 부속자료
주주총회 소집통지 및 의안설명서
합병계약서
합병비율 산정서
외부평가기관의 합병가액 적정성 평가서
합병 관련 투자심의위원회 또는 경영위원회 자료
경영진과 외부자문사 사이의 이메일·회의자료
법률·회계·세무 실사보고서
이러한 자료에는 다음 내용이 구체적으로 기재되는 것이 좋다.
피합병법인이 보유한 핵심 사업가치
해당 사업가치가 향후 매출과 이익에 기여할 전망
합병법인이 독자적으로 같은 사업기반을 구축할 경우 필요한 시간과 비용
단순 자산 취득이 아니라 법인 전체를 합병해야 하는 이유
순자산가액을 초과하는 합병대가를 지급하는 경제적 이유
“경영 효율성 제고”, “시너지 창출”과 같은 추상적 표현만으로는 부족하다. 어떤 거래처·기술·인력·브랜드가 어떤 방식으로 얼마의 수익을 창출할 것인지가 드러나야 한다.

2. 무형자산의 존재를 확인하는 자료

세법상 영업권은 피합병법인에 단순히 장부에 나타나지 않는 가치가 있다는 것만으로 인정되지 않는다. 장래 초과수익을 발생시킬 수 있는 구체적인 무형적 사업기반이 존재해야 한다.
상호·브랜드 관련 자료
상표권 등록자료
브랜드 인지도 조사
시장점유율 자료
광고·홍보 실적
브랜드 사용계약
브랜드별 매출 및 이익 분석
경쟁업체 대비 가격 프리미엄 자료
거래관계 관련 자료
주요 고객 명단과 거래기간
장기공급계약
독점판매·독점공급계약
재계약률과 고객유지율
고객별 매출·이익 기여도
반복 매출과 신규 매출의 구분
주요 거래처의 이탈 가능성 분석
유통망·대리점·가맹점 현황
기술·노하우 관련 자료
특허권·실용신안권·디자인권 등록자료
특허로 보호되지 않는 제조기술과 공정기술
연구개발 실적과 비용
기술평가보고서
제품개발 로드맵
소스코드·알고리즘·데이터베이스
영업비밀 관리규정
기술인력 현황과 핵심인력 의존도
경쟁업체 대비 기술 우위 자료
조직·인력 관련 자료
핵심 경영진과 기술인력의 경력
인력 유지계획
고용승계 조건
핵심인력 장기근속률
조직의 영업·기술 수행 능력
경업금지·비밀유지약정
특정 개인이 아닌 조직 자체에 축적된 역량을 보여주는 자료
세법상 영업권은 특정 자산 하나의 가치라기보다 개별적으로 식별하기 어려운 사업 전체의 초과수익력인 경우가 많다. 다만 특허권·상표권·고객관계 등 별도로 식별할 수 있는 무형자산은 영업권과 구분하여 평가하는 것이 안전하다.

3. 초과수익력을 입증하는 재무자료

피합병법인이 일반적인 동종기업보다 높은 수익을 얻을 수 있는 사업기반을 가지고 있었다는 점을 보여주어야 한다.
필요한 자료는 다음과 같다.
최근 3년에서 5년간 감사보고서
월별·분기별 손익계산서
제품·사업부별 매출과 영업이익
주요 고객별 매출 및 수익성
정상화된 EBITDA 및 영업이익
일회성 수익·비용 조정내역
동종기업 평균 영업이익률
시장 성장률과 회사 성장률 비교
수주잔고와 장래 매출전망
사업계획 및 현금흐름 추정자료
합병 당시 작성된 예산과 중장기 재무계획
과거 사업계획과 실제 실적의 차이 분석
수익가치를 계산할 때는 일회성 거래, 관계회사 내부거래, 비정상적으로 낮거나 높은 임원보수, 비경상적 손익 등을 조정하여 정상적인 영업수익력을 산출하는 것이 중요하다.
피합병법인이 적자라는 사실만으로 영업권이 당연히 부정되지는 않는다. 다만 적자 상태라면 다음 사항을 별도로 설명해야 한다.
적자가 일시적 투자비용 때문인지
연구개발이나 시장진입 비용이 선행된 것인지
이미 확보된 수주·고객·기술로 흑자전환이 가능한지
구조조정 후 정상수익력이 얼마나 되는지
합병법인이 활용할 수 있는 시너지와 피합병법인 고유의 가치가 각각 무엇인지

4. 합병대가 산정과 영업권의 연결자료

핵심은 “순자산가액을 초과한 금액”이 단순한 회계상 잔액이 아니라 무형적 사업가치에 대한 대가라는 점을 입증하는 것이다.
갖추어야 할 자료는 다음과 같다.
전체 합병대가 산정표
피합병법인 순자산 시가평가서
토지·건물·기계·재고 등 유형자산 평가서
부채 및 우발채무 실사자료
식별 가능한 무형자산 평가서
합병대가 배분보고서
영업권 계산명세
합병비율 산정 근거
주식가치 평가보고서
합병대가와 순자산가액의 차액 조정표
평가구조는 다음 순서로 설명되는 것이 바람직하다.
합병으로 지급한 전체 대가를 확정한다.
승계한 자산·부채의 공정가액을 평가한다.
별도로 식별할 수 있는 무형자산을 구분한다.
나머지 초과액이 어떤 무형적 사업가치에 대응하는지 확인한다.
그 초과액이 합병 당시의 합리적인 기대수익과 부합하는지 검증한다.
단순히 “합병신주의 시가 - 순자산 공정가액 = 영업권”이라는 계산만 제시해서는 부족하다. 차액이 왜 발생했으며 어떤 사업가치에 대한 대가인지를 설명하는 자료가 필요하다.

5. 가치평가보고서에 포함해야 할 내용

별도의 영업권 가치평가보고서가 법률상 필수요건은 아니지만, 조세분쟁을 예방하려면 작성해 두는 것이 가장 안전하다.
보고서에는 다음 내용이 포함되어야 한다.
평가 기준일
세법상 영업권의 존재와 평가는 합병 당시를 기준으로 판단한다. 따라서 합병 이후의 실적을 거꾸로 이용하여 합병 당시 평가를 새로 만든 것처럼 구성해서는 안 된다.
평가 대상
영업권
브랜드
고객관계
기술과 노하우
계약상 권리
인적 조직
유통망
기타 식별 가능한 무형자산
평가방법
현금흐름할인법
초과이익법
다기간 초과이익법
로열티 면제법
유사기업 비교법
거래사례 비교법
전체 합병대가에서 순자산가액을 공제하는 방법
대법원 2017두54791 판결에 따르면 별도의 적극적인 초과수익력 계산이 반드시 필요한 것은 아니다. 합병비율이 관련 법령에 따라 결정되는 경우에도 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제하여 무형적 사업가치를 산정할 수 있다.
다만 이 경우에도 피합병법인이 실제로 거래관계·수익성·성장성 등의 무형적 가치를 보유했다는 자료가 별도로 뒷받침되어야 한다.
주요 가정
매출 성장률
영업이익률
고객유지율
계약 갱신 가능성
할인율
영구성장률
무형자산의 경제적 내용연수
핵심인력 유지 가능성
시장점유율 전망
가정은 합병 당시 이용할 수 있었던 객관적인 자료에 근거해야 하고, 사후적으로 결과에 맞추어 변경한 흔적이 없어야 한다.

6. 이사회·주주총회 기록에 남겨야 할 사항

실무상 가치평가보고서가 존재해도 이사회 자료에 그 내용이 반영되지 않으면 “합병대가 결정 당시 실제로 고려된 가치”인지 다툼이 생길 수 있다.
이사회와 주주총회 자료에는 다음 사항을 명시하는 것이 좋다.
피합병법인이 보유한 구체적인 무형자산
각 무형자산의 사업상 가치
장래 초과수익 예상 근거
순자산가액을 초과하여 대가를 지급하는 이유
합병대가에 반영된 영업권의 규모
평가기관과 평가방법
주요 가정과 위험요인
합병 후 사업통합 및 가치 실현계획
이사들이 관련 자료를 검토하고 합병대가의 적정성을 판단했다는 사실
평가보고서가 합병 후 세무조사를 대비하여 사후 작성된 경우보다 합병대가를 결정하기 전에 작성되고 실제 의사결정에 사용된 경우 증명력이 훨씬 높다.

7. 합병 후 세무·회계처리의 일관성

대법원은 합병 이후의 세무신고 내용도 사업가치 평가 여부를 판단하는 자료로 본다.
따라서 다음 자료와 처리가 일관되어야 한다.
합병 회계처리 명세
합병 관련 세무조정계산서
매수차손 또는 영업권의 손금산입 명세
감가상각 또는 기간배분 자료
법인세 신고서와 부속서류
외부감사인의 검토자료
합병 후 사업부별 손익관리 자료
무형자산 손상검사 자료
2017두54791 판결에서는 합병법인이 수년간 스스로 영업권을 세법상 자산으로 신고하고 감가상각비를 손금산입한 사실이 영업권 인정에 유리한 사정으로 고려되었다.
반대로 합병 당시에는 세법상 영업권이 아니라고 처리했다가 세금상 유리해진 뒤 영업권을 주장하거나, 회계상 영업권 전액을 아무런 검토 없이 세법상 영업권으로 처리하면 신뢰성이 떨어질 수 있다.

8. 계열회사 합병에서 추가로 필요한 자료

계열회사 간 합병은 독립된 당사자 사이의 거래보다 합병대가의 객관성이 더 엄격하게 문제 될 수 있다.
다음 자료를 추가로 확보하는 것이 필요하다.
특수관계인 거래 검토보고서
독립된 외부평가기관의 가치평가서
합병법인과 피합병법인의 이해상충 검토자료
합병비율의 공정성 검토의견
소수주주에게 미치는 영향 분석
이사의 이해관계 공개 및 의결 참여 여부
다른 구조조정 방식과의 비교
피합병법인 지원 목적이 아니라는 자료
부실 계열사의 채무 인수 및 재무구조 개선 효과와 영업권의 구별자료
피합병법인이 자본잠식·누적적자·도산위기 상태라면, 막연한 시너지나 계열사 지원 필요성만으로는 영업권을 인정받기 어렵다. 합병법인이 실제로 취득하는 고객관계·기술·시장지위 등의 독립된 사업가치를 더 구체적으로 평가해야 한다.

9. 최소한 갖추어야 할 핵심 증빙

실무상 최소 세트는 다음과 같다.
합병 목적과 무형적 사업가치를 구체적으로 기재한 합병 타당성 보고서
피합병법인의 최근 3년 이상 재무자료와 정상수익력 분석
주요 고객·계약·기술·브랜드 등 무형자산 실사자료
순자산 공정가액 평가서
합병대가와 합병비율 산정서
영업권 또는 매수차손 계산명세와 가치평가보고서
순자산가액을 초과하여 대가를 지급하는 이유가 기록된 이사회 의사록
합병계약서와 외부평가기관의 적정성 의견
합병 당시의 사업계획과 현금흐름 전망
합병 후 회계처리와 법인세 신고의 일관성을 보여주는 자료
실무상 주의점
세법상 영업권의 입증은 “가치가 존재한다”, “그 가치를 합병 당시 평가했다”, “그 가치 때문에 대가를 지급했다”는 세 단계로 구성해야 한다.
가치평가보고서만 있고 실제 이사회가 이를 검토하지 않았다면 두 번째 단계가 약해진다. 무형적 가치가 인정되더라도 합병대가와 연결되지 않으면 세 번째 단계가 부족하다. 반대로 합병대가가 순자산가액을 초과한다는 계산만 있고 구체적인 무형적 가치가 확인되지 않으면 첫 번째 단계부터 충족하지 못한다.
이 글이 속한 업무분야
M&A · 기업인수합병 대우건설·대우인터내셔널 매각 등 대형 M&A와 국내외 기업인수 경험을 바탕으로 주식매매, 영업양수도, 경영권 양도, 법률실사, 계약협상 및 M&A 분쟁을 자문합니다. 해당 분야 전체 자료 보기 →

목록으로 업무분야 보기