적격합병과 고용창출투자세액공제의 승계

--대법원 2025. 11. 6. 선고 2022두53921 판결

원고는 기업인수를 목적으로 설립된 회사로서 2016년 9월 식품 프랜차이즈사업 등을 영위하던 피합병법인을 흡수합병하였습니다. 이 합병은 구 법인세법상 적격합병 요건을 갖추었습니다.

피합병법인은 합병 전 약 118억 원을 투자하여 충북 진천에 창고시설을 신축하였고, 이에 대해 고용창출투자세액공제를 적용하였습니다.

그러나 피합병법인의 2016년 의제사업연도에는 상시근로자 증가 인원이 없는 것으로 계산되어 추가공제를 받지 못하였고, 약 6억 9,700만 원의 추가공제액이 이월되어 있었습니다.

원고는 합병 후 이를 승계하여 다음과 같이 법인세에서 공제하였습니다.

2016 사업연도: 약 4억 1,400만 원
2017 사업연도: 약 2억 8,200만 원

과세관청은 고용창출투자세액공제의 추가공제분은 합병법인이 승계할 수 있는 세액공제에 해당하지 않는다고 보아 원고에게 법인세와 가산세를 부과하였습니다.

이 사건의 쟁점은 두 가지입니다.

첫째, 적격합병 시 피합병법인이 공제받지 못하고 이월한 고용창출투자세액공제액을 합병법인이 승계할 수 있는지입니다.

둘째, 승계가 가능하다면 공제한도를 계산하기 위한 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’를 어떻게 산정해야 하는지입니다.

합병등기일 당시 실제 승계한 인원을 기준으로 할 것인지
직전 및 해당 과세연도의 월평균 상시근로자 수를 기준으로 할 것인지

구 법인세법 제44조의3 제2항은 적격합병의 경우 피합병법인의 자산·부채뿐만 아니라 결손금, 세무조정사항, 감면 및 세액공제 등도 합병법인이 승계하도록 규정하고 있습니다.

이는 적격합병을 피합병법인의 사업이 종료되고 새로운 사업이 시작되는 것으로 보지 않고, 합병법인을 통하여 종전 기업이 계속되는 것으로 취급하기 위한 것입니다.

따라서 합병법인이 관련 세법상 요건을 충족한다면 피합병법인이 공제받지 못한 이월세액공제도 원칙적으로 승계할 수 있습니다.

과세관청은 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호가 열거한 이월세액공제에 고용창출투자세액공제의 추가공제분이 포함되지 않는다고 주장하였습니다.

그러나 대법원은 해당 시행령 규정은 승계할 수 있는 세액공제의 종류를 한정적으로 정한 것이 아니라고 판단하였습니다.

그 규정은 합병법인이 승계한 감면·세액공제를 실제로 적용할 때의 계산방법과 공제한도를 정한 규정일 뿐, 다른 법률에 따라 인정되는 세액공제의 승계 자체를 제한하는 규정이 아니라는 것입니다.

따라서 구 조세특례제한법상 추가공제 및 이월공제 요건을 충족하면, 피합병법인의 고용창출투자세액공제액을 합병법인이 승계할 수 있습니다.

대법원은 이 부분에 관한 과세관청의 상고를 기각하였습니다.

원심은 ‘승계한 상시근로자 수’를 합병등기일 당시 피합병법인으로부터 실제 승계한 근로자 수라고 판단하였습니다.

상시근로자 수를 월평균으로 계산하는 일반 규정은 과세연도의 고용증감을 산정하기 위한 것이고, 특정 시점에 이루어진 합병에 따른 승계 인원을 계산할 때에는 적용할 수 없다고 본 것입니다.

대법원은 이 부분에 관한 원심의 판단을 파기하였습니다.

구 조세특례제한법 시행령에서 말하는 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’는 합병등기일에 실제 승계한 인원만을 의미하지 않습니다.

다음 계산방식에 따른 피합병법인의 각 과세연도 상시근로자 수를 의미합니다.

해당 과세연도의 매월 말 상시근로자 수 합계
÷ 해당 과세연도의 개월 수

따라서 직전 과세연도와 해당 과세연도 각각에 대해 피합병법인의 월평균 상시근로자 수를 계산하고, 이를 합병법인의 상시근로자 수에 더하여 고용증가 여부와 공제한도를 판단해야 합니다.

고용창출투자세액공제는 특정일의 근로자 수가 아니라 과세연도 전체의 실질적인 고용증가를 기준으로 세제혜택을 부여하는 제도입니다.

만약 합병등기일 하루를 기준으로 승계 인원을 산정하면 다음과 같은 문제가 발생할 수 있습니다.

합병 직전 일시적인 채용이나 퇴직에 따라 공제액이 달라짐
동일한 고용 규모라도 합병 시점에 따라 공제 여부가 달라짐
합병 자체가 형식적인 고용증가로 계산될 가능성
합병 전후의 실질적인 고용유지 여부가 반영되지 않음

대법원은 합병에 따른 상시근로자 수를 계산할 때 피합병법인과 합병법인을 합병 전부터 하나의 기업이었던 것처럼 보아야 한다고 판단하였습니다.

즉, 합병으로 근로자의 소속 법인만 변경되었을 뿐 동일한 사업과 고용이 계속된 경우 이를 새로운 고용으로 계산하거나 반대로 기존 고용을 누락해서는 안 된다는 것입니다.

대법원은 조세법규는 원칙적으로 문언대로 엄격하게 해석해야 하고, 합리적 이유 없는 확장·축소해석이나 유추해석은 허용되지 않는다고 전제하였습니다.

다만 관련 규정들 사이의 관계를 해석하여 의미를 명확히 할 필요가 있는 경우에는 법적 안정성과 예측 가능성을 해치지 않는 범위에서 입법 취지와 목적을 고려한 합목적적 해석이 허용된다고 보았습니다.

이 사건에서 시행령은 ‘승계한 상시근로자 수’를 합병등기일 기준 인원이라고 명시하지 않았습니다. 반면 상시근로자 수의 일반적인 계산방법은 과세연도 중 매월 말 인원의 평균을 기준으로 하고 있습니다.

대법원은 고용창출투자세액공제의 취지와 적격합병의 기업계속성 원칙을 고려하여 ‘승계한 상시근로자 수’를 월평균 인원으로 해석하였습니다.

이 판결은 적격합병에서 조세상 권리·의무의 승계와 고용 관련 세액공제의 계산방법을 구체적으로 제시하였다는 데 의미가 있습니다.

첫째, 적격합병에서 승계되는 것은 자산과 부채에 한정되지 않습니다. 피합병법인이 보유하던 이월 세액공제도 관련 법령상 요건을 충족하면 합병법인이 승계할 수 있습니다.

둘째, 시행령상 세액공제 적용 및 한도에 관한 규정을 승계 자체를 제한하는 규정으로 확대해석해서는 안 된다고 판단하였습니다.

셋째, 고용 관련 세액공제는 합병등기일의 일시적인 인원이 아니라 과세연도 전체의 월평균 고용 규모를 기준으로 계산해야 합니다.

넷째, 적격합병에서는 피합병법인과 합병법인을 경제적·세무적으로 계속되는 하나의 기업으로 보아야 하므로, 합병 자체로 고용이 증가하거나 감소한 것처럼 계산해서는 안 됩니다.

적격합병 과정에서 이월 세액공제를 승계하려면 다음 자료를 확보해야 합니다.

피합병법인의 투자금액 및 세액공제 발생 내역
공제받지 못한 금액과 이월 가능 기간
적격합병 요건의 충족 여부
합병법인이 승계한 사업부문의 소득 및 법인세액
직전 및 해당 과세연도의 월별 상시근로자 명부
근로계약, 급여대장 및 원천징수 자료
합병 전후 사업부문의 계속성과 고용 유지 자료

특히 합병등기일 현재의 근로자 명부만으로는 부족합니다. 피합병법인의 직전 과세연도와 합병연도 전체에 관한 월별 상시근로자 수를 계산하여야 하므로, 합병 전에 관련 인사·급여자료를 확보하는 것이 중요합니다.

국가법령정보센터 – 대법원 2025. 11. 6. 선고 2022두53921 판결