과점주주 간주취득세 과세표준과 법인 장부가액

--대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30758 판결

1. 문제의 소재

법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 되면 세법상 그 법인이 보유한 부동산 등을 과점주주가 직접 취득한 것으로 보아 취득세가 부과될 수 있습니다. 이를 과점주주 간주취득세라고 합니다.

이때 간주취득세의 과세표준을 법인의 장부에 기재된 부동산 가액으로 산정해야 하는지, 납세의무자가 신고한 가액이 장부가액보다 우선하는지, 장부에 계상된 평가충당금을 취득원가에서 공제할 수 있는지가 문제됩니다.

대법원 2026두30758 판결은 과점주주가 신고한 가액이 정당한 과세표준보다 적으면 과세관청이 법인의 결산서와 장부에 따라 과세표준을 다시 산정할 수 있다고 판단하였습니다.

다만 법인 장부가액은 원칙적으로 실제 취득가격에 부합한다는 신빙성을 전제로 과세자료로 활용되는 것이므로, 실제 취득가격과 관계없이 모든 장부가액을 무조건 간주취득세 과세표준으로 삼아야 하는 것은 아니라고 판시하였습니다.

2. 사실관계

원고는 2021년 12월 3일 쟁점회사의 발행주식 50%를 취득하고, 2022년 6월 13일 나머지 50%를 취득하였습니다.

원고가 쟁점회사의 주식을 취득하여 과점주주가 됨에 따라, 쟁점회사가 보유한 부동산에 대하여 과점주주 간주취득세 납세의무가 발생하였습니다.

원고는 쟁점회사가 해당 부동산을 취득할 당시의 취득원가를 기준으로 간주취득세 과세표준을 신고하였습니다.

이후 원고는 부동산의 취득원가에서 장부상 평가충당금을 공제한 금액을 기준으로 과세표준을 산정해야 한다고 주장하며 취득세 감액을 구하는 경정청구를 하였습니다.

과세관청이 경정청구를 거부하자 원고는 그 경정거부처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였습니다.

3. 과점주주 간주취득세의 기본구조

구 지방세법은 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 지방세기본법상 과점주주가 된 사람은 해당 법인이 보유한 부동산 등을 취득한 것으로 봅니다.

간주취득세 과세표준은 원칙적으로 법인이 보유한 취득세 과세대상 자산의 총가액을 법인의 주식 또는 출자 총수로 나눈 다음, 과점주주가 취득한 주식 또는 지분의 수를 곱하는 방식으로 계산합니다.

즉, 법인의 과세대상 자산 중 과점주주가 취득한 지분비율에 해당하는 금액을 과세표준으로 삼는 구조입니다.

과점주주는 법령과 조례에 따라 과세표준과 세액을 자진신고해야 합니다. 그러나 신고를 하지 않거나 신고가액을 표시하지 않은 경우, 또는 신고가액이 정당한 과세표준보다 적은 경우에는 과세관청이 해당 법인의 결산서와 장부 등을 토대로 과세표준을 산정할 수 있습니다.

4. 신고가액이 항상 장부가액보다 우선하는가

원심은 원칙적으로 납세의무자가 신고한 가액이 장부가액보다 우선하고, 신고를 하지 않았거나 신고가액이 정당한 과세표준보다 적은 예외적인 경우에만 과세관청이 장부에 따라 과세표준을 산정할 수 있다는 취지로 판단하였습니다.

대법원은 이러한 원심의 전제가 적절하지 않다고 지적하였습니다.

과점주주 간주취득세의 납세의무자가 자진신고하더라도 신고한 가액이 법인의 결산서와 장부 등에 따라 산정한 정당한 과세표준보다 적다면, 과세관청은 납세의무자의 신고 내용에 구속되지 않습니다.

과세관청은 법인의 결산서와 장부에 나타난 취득세 과세대상 자산의 총액을 기초로 정당한 과세표준을 다시 산정할 수 있습니다.

따라서 납세의무자의 신고가 존재한다는 이유만으로 그 신고가액이 당연히 우선하는 것은 아닙니다.

5. 법인 장부가액을 과세표준으로 삼는 이유

지방세법이 법인 장부에 나타난 가액을 취득세 과세표준의 기초로 삼는 것은 법인이 객관화된 조직체로서 회계장부를 작성하고, 일반적으로 거래가액을 임의로 조작할 가능성이 개인보다 낮다는 점을 전제로 합니다.

따라서 법인의 장부가액은 원칙적으로 실제 취득가격에 부합하는 신빙성 있는 자료로 평가됩니다.

그러나 장부가액은 실제 취득가격을 확인하기 위한 증거 또는 산정자료이지, 그 자체가 언제나 절대적인 과세표준이 되는 것은 아닙니다.

법인의 장부에 특정 금액이 기재되어 있다는 이유만으로 그 금액이 실제 취득가격에 부합하는지와 관계없이 무조건 취득세 과세표준으로 삼아야 하는 것은 아닙니다.

대법원은 이러한 법리가 일반적인 취득세뿐 아니라 과점주주 간주취득세의 과세표준을 법인의 결산서와 장부에 따라 산정하는 경우에도 동일하게 적용된다고 판단하였습니다.

6. 취득원가와 평가충당금의 관계

원고는 쟁점회사가 보유한 부동산의 취득원가에서 장부에 계상된 평가충당금을 공제한 금액이 실제 장부가액이므로, 이를 간주취득세 과세표준으로 삼아야 한다고 주장하였습니다.

그러나 평가충당금은 자산의 취득 이후 가치 하락 가능성 등을 회계상 반영하기 위한 항목입니다. 평가충당금이 계상되었다는 사실만으로 과거 실제로 지급한 취득가격이 변경되는 것은 아닙니다.

물론 장부상 취득원가가 실제 취득가격을 제대로 반영하지 못하거나 평가충당금이 객관적이고 합리적인 근거에 따라 산정되어 취득세 과세대상 자산의 실질적 가액을 적정하게 반영한다고 증명되는 경우에는 이를 과세표준 산정에 고려할 여지가 있습니다.

그러나 단순히 장부에 평가충당금이 계상되어 있다는 이유만으로 이를 취득원가에서 당연히 공제할 수는 없습니다.

7. 이 사건에서 평가충당금 공제를 인정하지 않은 이유

원심은 과세관청이 해당 부동산의 취득원가를 기준으로 간주취득세 과세표준을 산정한 것이 타당하다고 판단하였습니다.

원고가 취득원가에서 공제해야 한다고 주장한 평가충당금에 대해서는 그 산정의 적정성을 뒷받침하는 객관적인 자료와 근거가 제출되지 않았다고 보았습니다. 따라서 평가충당금의 신빙성을 인정하기 어렵다고 판단하였습니다.

대법원은 원심이 납세의무자의 신고가액이 장부가액보다 원칙적으로 우선한다고 전제한 부분은 적절하지 않다고 지적하였습니다.

그러나 원고의 주장을 당초 신고가액이 과다했다는 취지로 선해하더라도, 평가충당금이 객관적이고 적정하게 산정되었다는 점이 증명되지 않았으므로 경정청구를 받아들일 수 없다고 보았습니다.

이에 따라 원심의 이유 중 일부는 적절하지 않지만 결론은 정당하다고 판단하여 원고의 상고를 기각하였습니다.

8. 회계상 장부가액과 세법상 과세표준의 구별

이 판결은 회계상 장부가액과 세법상 과세표준이 반드시 일치하는 것은 아니라는 점을 보여줍니다.

회계상 자산가액은 취득원가, 감가상각, 평가손실, 충당금 등 회계기준에 따라 변동될 수 있습니다. 반면 취득세는 취득 당시의 실제 취득가격을 과세표준으로 삼는 것을 기본으로 합니다.

따라서 회계상 평가충당금이나 평가손실을 계상하여 순장부가액이 감소하였더라도, 그 사정만으로 취득 당시 실제 취득가격까지 감소한 것으로 볼 수는 없습니다.

간주취득세 과세표준을 산정할 때도 회계상 표시된 순장부가액을 기계적으로 적용할 것이 아니라, 그 금액이 실제 취득가격과 과세대상 자산의 가액을 적정하게 반영하는지를 확인해야 합니다.

9. 기업 인수·주식거래에 대한 시사점

과점주주 간주취득세는 부동산을 직접 매수한 경우가 아니라 법인의 주식을 취득한 경우에도 발생합니다.

따라서 주식양수도나 지배권 인수 과정에서는 대상회사가 보유한 부동산, 차량, 기계장비 및 회원권 등 간주취득세 과세대상 자산을 사전에 확인해야 합니다.

대상회사의 재무제표상 순장부가액만을 기준으로 예상세액을 계산해서는 부족합니다. 취득원가, 감가상각누계액, 평가충당금 및 기타 평가계정이 실제 취득가격과 어떠한 관계에 있는지를 검토해야 합니다.

특히 회계상 평가충당금을 공제한 순장부가액으로 간주취득세 과세표준을 낮추려면 평가충당금의 설정 근거와 산정방식이 객관적이고 합리적이라는 자료를 확보해야 합니다.

주식매매계약을 체결할 때에는 과점주주 간주취득세 발생 여부와 예상세액을 거래가격에 반영하고, 대상회사의 장부가액이나 자산명세가 부정확한 경우에 대비하여 진술·보장 및 세금보상 조항을 둘 필요가 있습니다.

10. 판결의 의의

이 판결은 과점주주 간주취득세에서 납세의무자의 자진신고 가액이 항상 우선하는 것은 아니며, 신고가액이 정당한 과세표준보다 적으면 과세관청이 법인의 결산서와 장부에 따라 과세표준을 다시 산정할 수 있다는 점을 분명히 하였습니다.

동시에 법인의 장부가액 역시 실제 취득가격과 관계없이 무조건 과세표준이 되는 것은 아니라고 보았습니다. 장부가액은 실제 취득가격에 부합한다는 신빙성을 전제로 활용되는 자료이므로, 장부상 평가충당금 등의 공제를 주장하려면 그 산정의 객관성과 적정성을 납세의무자가 구체적으로 증명해야 합니다.

그 핵심은 다음과 같습니다.

과점주주의 간주취득세 과세표준은 납세의무자의 신고 내용만으로 확정되지 않는다. 신고가액이 법인의 결산서와 장부에 따른 정당한 과세표준보다 적으면 과세관청은 이를 다시 산정할 수 있다. 다만 장부가액도 실제 취득가격과 무관하게 무조건 과세표준이 되는 것은 아니며, 평가충당금을 공제한 순장부가액을 적용하려면 그 평가충당금이 객관적이고 합리적으로 산정되었다는 점이 증명되어야 한다.