해당판례
대법원 2022. 12. 29. 선고 2018두59182 판결 — 법인세등부과처분취소
원심판결 중 2013 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 가산세를 포함하여 파기하고, 서울고등법원에 환송하였다.
하급심
원심의 판단
서울고등법원 2018. 8. 22. 선고 2018누32929 판결은 원고가 합병 양쪽 회사의 주주라는 지위를 각각 나누어 판단하였다.
원고가 한쪽 회사의 주주로서 다른 주주에게 분여한 이익에는 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 다른 쪽 회사의 주주로서 분여받은 이익에는 익금 규정을 적용하여, 두 금액을 모두 원고의 익금에 산입한 처분이 적법하다고 보았다.
대법원의 판단
대법원은 하나의 합병으로 동일한 법인에 귀속되는 손실과 이익을 먼저 통산해야 한다고 판단하였다.
통산 결과 실제로 다른 주주에게 이익을 분여했는지, 다른 주주로부터 이익을 분여받았는지를 확인한 다음 그 결과에 맞는 과세 규정을 적용해야 하므로, 두 금액을 각각 계산하여 모두 익금에 산입한 원심판단에는 법리오해와 심리미진이 있다고 보았다.
파기환송심
공개적으로 확인되는 자료에서는 파기환송심의 사건번호와 선고 결과를 확인하지 못하였다. 따라서 이 판결을 근거로 최종 취소세액이나 환급액까지 확정되었다고 설명할 수는 없다.
관련판례
대법원 2005. 4. 29. 선고 2003두15249 판결 — 부당행위계산부인의 취지와 경제적 합리성 판단
특수관계법인을 흡수합병하면서 실질적 가치가 없는 매출채권을 인수한 사안에서, 전체 합병행위의 경제적 효과와 실제 이익분여 여부를 고려하여 부당행위계산부인 대상인지 판단하였다.
대상판결이 부당행위계산의 의미를 설명하면서 직접 인용한 선행판례이다. 대상판결은 이러한 판단 관점을 합병 양쪽 회사의 주식을 보유한 법인 주주에게 적용하여, 동일한 합병에서 발생한 손실과 이익을 함께 살펴야 한다고 구체화하였다.
관련법령
판결에 적용된 구법
아래 구법의 개정 시점은 대상판결의 표기를 그대로 따른다. 링크는 해당 개정 전 연혁법령에 연결하였다.
- 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항 자본 또는 출자의 납입 등 제외대상을 빼고, 법인의 순자산을 증가시키는 거래에서 발생한 수익을 익금으로 정한 규정이다.
- 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제15조 제3항 수익의 범위와 구분 등에 필요한 사항을 대통령령에 위임한 규정이다.
- 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항 특수관계인과의 거래로 법인세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 실제 행위나 소득금액 계산에 관계없이 소득금액을 다시 계산할 수 있도록 한 규정이다.
- 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 제4항 부당행위계산의 유형과 시가 산정 등에 필요한 사항을 대통령령에 위임한 규정이다.
- 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호 일정한 자본거래로 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 수익에 포함하는 규정이다.
- 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제8호 (가)목 특수관계법인 사이의 불공정합병으로 주주인 법인이 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우에 적용되는 부당행위계산부인 규정이다.
현행법과의 대응 관계
2026.9.17. 기준으로 확인한 현행 조문은 다음과 같다.
- 법인세법 제15조 제1항 법인의 순자산을 증가시키는 거래에서 발생하는 이익 또는 수입을 익금으로 정하는 기본구조가 유지되고 있다.
- 법인세법 제15조 제3항 수익의 범위와 구분 등에 관한 대통령령 위임 규정이 유지되고 있다.
- 법인세법 제52조 제1항 특수관계인과의 거래에 대한 부당행위계산부인 규정이 유지되고 있다.
- 법인세법 제52조 제4항 부당행위계산의 유형과 시가 산정 등에 관한 대통령령 위임 규정이 유지되고 있다.
- 법인세법 시행령 제11조 제8호 판결에 적용된 구 시행령의 자본거래 이익분여 규정에 대응하는 현행 조문이다. 현행법을 설명할 때에는 ‘제11조 제8호’로 표시해야 한다.
- 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목 불공정합병에 따른 주주 사이의 이익분여를 규율하는 조문 위치가 유지되고 있다. 구체적 적용에서는 본문의 요건과 단서의 적용 제외 사유를 함께 확인해야 한다.
특히 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호 개정으로 종전의 자본거래 이익분여 규정이 제11조 제9호에서 제11조 제8호로 이동하였다. 현행 제11조 제9호는 가지급금과 그 이자에 관한 규정이므로 구법과 혼용해서는 안 된다. 법인세법 시행령 제정·개정문
사실관계
원고 주식회사 투판즈는 2013년경 A회사 주식 9.01%와 B회사 주식 13.33%를 함께 보유하고 있었다. A회사는 2013. 11. 28. B회사의 문화예술 사업부문을 분할합병하였다.
역삼세무서장은 B회사의 문화예술 사업부문에 관한 주식가치가 시가보다 높게 평가되어 불공정한 합병이 이루어졌다는 전제에서 다음과 같이 계산하였다.
- 원고가 A회사의 주주로서 특수관계인인 B회사의 다른 주주들에게 분여한 이익: 511,041,652원
- 원고가 B회사의 주주로서 특수관계인인 A회사의 다른 주주들로부터 분여받은 이익: 709,000,989원
과세관청은 첫 번째 금액에는 부당행위계산부인 규정을, 두 번째 금액에는 익금 규정을 각각 적용하여 두 금액을 모두 원고의 익금에 산입하였다. 이를 기초로 2014. 12. 1. 원고에게 2013 사업연도 법인세와 가산세를 경정·고지하였다.
여기서 익금 산입 여부가 문제 되는 납세자는 합병 양쪽 회사의 주식을 보유한 원고 투판즈이다. 원고에게 귀속된 손실과 이익을 어떤 방식으로 계산할지가 핵심 쟁점이다.
법리
일반적인 판단 기준
불공정한 합병비율이 적용되면 주식가치가 과소평가된 회사의 주주는 손실을 입고, 과대평가된 회사의 주주는 이익을 얻는다.
그런데 동일한 법인이 양쪽 회사의 주식을 모두 보유하고 있다면 그 법인에 손실과 이익이 동시에 발생한다. 이때는 다음 순서로 판단해야 한다.
- 동일한 합병에서 해당 법인에 귀속된 손실과 이익을 함께 계산한다.
- 두 금액을 통산하여 특수관계인인 다른 주주와 사이에 실제로 이전된 이익이 있는지 확인한다.
- 통산 결과 이익을 분여받았다면 익금 규정을, 이익을 분여하였다면 부당행위계산부인의 요건을 검토하여 해당 규정을 적용한다.
이러한 통산이 필요한 이유는 두 가지다.
첫째, 이 사건 규정들은 ‘다른 주주’와의 이익분여를 전제로 한다. 동일 법인 내부에서 손실과 이익이 서로 상쇄되는 부분까지 다른 주주에게 이전된 이익으로 볼 수 없다.
둘째, 익금은 해당 법인의 순자산 증가를 전제로 한다. 하나의 합병으로 발생한 이익만 따로 떼어 보면 동일한 합병에서 발생한 손실이 누락되어 실제 순자산 증가액을 초과하는 과세가 이루어질 수 있다.
해당 사건에 대한 적용
과세관청은 원고가 분여한 것으로 계산한 511,041,652원과 분여받은 것으로 계산한 709,000,989원을 합하여 총 1,220,042,641원을 익금에 산입하였다.
그러나 대법원의 판단에 따르면 원고의 두 주주 지위를 함께 고려하여 실제 이익분여 결과를 확인해야 한다.
과세관청이 제시한 두 금액을 그대로 놓고 단순 통산하면 다음과 같다.
709,000,989원 − 511,041,652원 = 197,959,337원
이는 통산 방식의 차이를 설명하기 위한 계산이다. 대법원이 최종 익금 산입액을 197,959,337원으로 확정하거나 최종 납부세액을 직접 정한 것은 아니다. 대법원은 필요한 심리를 거쳐 다시 판단하도록 사건을 환송하였다.
실무적 유의점
- 주주인 법인을 기준으로 검토해야 한다. 합병 당사법인들의 과세 문제와 별도로, 양쪽 회사의 주식을 함께 보유한 법인별로 실제 이익과 손실을 계산해야 한다.
- 양쪽 주식의 보유 사실과 비율을 입증해야 한다. 주주명부, 주식취득 자료, 합병 전후 지분표 및 합병신주 배정 내역을 확보하여 동일 법인에 귀속되는 손익을 연결해야 한다.
- 합병비율의 적정성과 손익 통산을 구분하여 주장해야 한다. 우선 주식가치 평가와 합병비율이 적정하다는 주장을 검토하고, 불공정합병으로 판단되더라도 손익을 통산해야 한다는 주장을 별도로 제시할 수 있다.
- 특수관계와 실제 이익의 이전 상대방을 확인해야 한다. 합병 당사법인 사이의 특수관계뿐 아니라 주주인 법인과 이익을 주고받은 다른 주주 사이의 특수관계도 검토해야 한다.
- 계약 단계에서 평가 근거와 세금 부담을 정리해야 한다. 분할합병계약과 관련 자료에 평가 기준일, 주식가치 산정 근거, 신주배정 방식 및 사후 세금 조정에 관한 책임을 명확히 남기는 것이 필요하다.
- 통산의 범위를 확대해서는 안 된다. 이 판결이 인정한 것은 동일 법인에 동일한 합병으로 귀속된 손익의 통산이다. 계열회사 전체의 손익이나 별개의 거래에서 발생한 손익을 일괄 상계할 수 있다는 의미는 아니다.